使用python（Biopandas和Biopython）对蛋白质结构文件PDB进行修改

使用python（Biopandas）对蛋白质结构文件PDB进行修改

所需环境

python3.x
biopandas
biopython

读取PDB

读取PDB

from biopandas.pdb import PandasPdb

file = PandasPdb().read_pdb('1AUW.pdb').df['ATOM']
print(file.head())

from biopandas.pdb import PandasPdb

file = PandasPdb().read_pdb('1AUW.pdb').df['ATOM']
print(file.head())

显示:

查看PDB文件各列标题

print(file.columns)

print(file.columns)

显示

将第一个原子的B-factor列补入计算值

假定计算为1.2
和pandas操作一样：

file.loc[0,'b_factor'] = 1.2

file.loc[0,'b_factor'] = 1.2

保存PDB

注意是替换

raw = PandasPdb().read_pdb('1AUW.pdb')
raw.df['ATOM'] = file
raw.to_pdb('changed.pdb',append_newline=True)

raw = PandasPdb().read_pdb('1AUW.pdb')
raw.df['ATOM'] = file
raw.to_pdb('changed.pdb',append_newline=True)

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