这款内嵌Python的软件竟然可以绘制分子蛋白可视化图片!!!

Python不仅可进行抽象计算和数据整理,还能借助PyMOL实现分子和蛋白可视化。PyMOL操作简单、功能强大,嵌套Python可进行命令运算。在命令行输入命令,经Python运算后可呈现视图,还能制作动画。此外,还提供了全套Python学习资料。

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众所周知,Python作为一款强大的编程工具,主要帮助我们进行抽象的计算和复杂的数据整理。但Python还有个鲜为人知的“冷功能”——它可以绘制分子和蛋白可视图!

当然,仅凭Python来绘图是略有些困难的,毕竟Python无法提供画布和图形。因此今天给大家介绍的,是一款与Python连接使用,实现算法和绘图双重功效的软件:PyMOL。


PyMOL

PyMOL是一款操作简单,功能强大,内部嵌套Python,可进行命令运算的分子及蛋白可视化软件。

官方网址:

https://github.com/schrodinger/pymol-open-source

PyMOL的界面分为四个部分:菜单栏、命令行框、分子及蛋白展示界面和操作界面。

我们在命令行中输入一个命令:“remove solvent”,从对接的蛋白质中删除所有溶剂分子。PyMOL会把命令变成代码交给Python进行运算,运算后的PyMOL将会在展示界面中呈现命令的最终视图。

我们可以根据PyMOL所呈现出来的视图,进行下一步命令的输入和运算,在这个过程中,各位科研er可以根据页面提示修改或调整自己的命令语言,直到它呈现出令你满意的结果。

此外,PyMOL还可以制作动画。

只要在命令行中输入“Movie->Program->Camera->X-Roll->NSeconds”或者“Movie->Program->Camera->Y-Roll->N Seconds”这两条命令的任意一条,我们就能轻松完成动画的制作。

我们获得了想要的可视图之后,点击Draw/Ray选项,选择合适的尺寸并拍摄图像,然后就可以保存到计算机中啦~

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