单细胞测序分析（5）—用 Cell Ranger 上游分析 fastqc格式文件学习笔记

最新推荐文章于 2024-06-20 15:16:46 发布

leo12354

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分类专栏：生信分析

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/leo12354/article/details/109521746

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本文记录了使用Cell Ranger进行单细胞测序数据分析的实践过程，包括数据下载、初步分析及质量控制。通过Cell Ranger处理Fastq格式文件，得到可用于下游Seurat、Scater等工具的输入文件。尽管遇到硬件限制导致处理时间较长，但最终分析结果显示尚可。文章还提及了Seurat不同版本中变量名的变化，并提醒读者注意mito gene比例对数据质量的影响。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

上一篇更新这么久，立的Flag 差一点倒吊，进来被湿实验干扰的特别累，怀疑一切，怀疑自己，不断否定自己，有时候想起来都不知道自己来这儿做科研是为了什么，什么都做不出来，很无奈，还好，偶尔做一个代码搬运工看着一个个图出现在屏幕上，一点点成就感脱颖而出，虽然解决不了湿实验上的失败阴影，但是人活着要想开点。

好了，进入正题。牢骚发完了。
参考：
单细胞转录组数据处理之上游分析流程
 10X genomics单细胞数据集探索

其实上游流程我们可以交给公司去做，没必要自己去做，但是针对目前我手里的Fastq格式，我还是想试一试，虽然一开始用了HISAT和SUBREAD对比，但是最后counts文件出来之后，一看，傻眼了，这根本就不是单细胞分析，还是把细胞混成一团分析了。

没办法，找到源头的软件，cellranger。
下载和使用的方法：单细胞测序数据分析（3）- cell ranger的下载和使用-学习笔记

先拿着官网的数据尝试一下，其实有很多免费的数据，针对不同的版本有不同的数据，只需要简单填写邮箱即可下载。

在这里插入图片描述
按照10X genomics单细胞数据集探索里的教程，下载了数据比较小的一个Demo,1k Brain Cells from an E18 Mouse

在这里插入图片描述

上图展示了这个数据集的一些基本信息，比如检测了931个细胞，使用参考基因组1.2.0对比产生····· 看完之后，我们可以看到，除了已经陈列好的分析数据结果，可以直接用（我没截图），还有我们的初心数据，下载FASTQs,很快，2h 就好了。
解压之后，有这么多的数据：
在这里插入图片描述
需要说明的是，我们自己的数据命名一定要前面有统一的名字，比如DD-45-S（后面的可以不一样了）
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