windows环境下基于3DSlicer 源代码编译搭建工程开发环境详细操作过程和中间关键错误解决方法说明

3D Slicer5.7在win11下的源码编译安装 本博客主要参考官方安装文档以及部分优快云的博客,部分内容的书写会直接参考官方文档的内容。 阅读详情

说明:
该文档适用于
 首次/重新 搭建3D-Slicer工程环境
 Clean up(非增量) 编译生成

1. 3D-slicer 软件介绍
(1)3D Slicer为处理MRI\CT等图像数据软件,可以实行基于MRI图像数据的目标分割、标记测量、坐标变换及三维重建等功能,其源于3D slicer 4.13.0-2022-01-19开源代码框架,并进行moudles和扩展模块的增删而编译生成。
(2)3D-slicer 源代码自官网github checkout 到本地以后,需编译生成解决方案工程,并build以生成软件的开发调试版本(debug)和软件发布版本(release)。
https://download.slicer.org/
https://github.com/Slicer/Slicer

2. 3D-slicer 软件编译生成
如3D slicer 4.13软件的解决方案生成及编译对PC电脑的配置、软件安装环境、畅通访问github网站等条件具有同样严格的配置要求和工序流程。

(1)编译准备
为了满足编译3D slicer软件的先决条件,首先应查阅Slicer官方文档
https://slicer.readthedocs.io/en/latest/developer_guide/build_instructions/windows.html详细了解其需要的配置条件。具体软件条件如下:
在这里插入图片描述
可见编译生成3D-slicer软件,应在编译设备PC机上首先应安装了满足条件的Cmake、Git、Visual Studio、Qt5、NSIS(打包选)。
如我们编译3D-slicer 应该选择硬件配置较好(i5/i7,内存>8G,有GPU模块)的PC机并可以安装如下软件版本:
 Windows 10 21H2 x64,Windows SDK 19041
 Git 2.34.1( https://git-scm.com/downloads)
 CMake 3.22.2(https://cmake.org/files/)

安装默认路径、add到环境变量、创建桌面快捷方式
在这里插入图片描述
 Qt 5.15.2(https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/qt/)
安装MSVC2019 64-bit, QtWebEngine,…
 Visual Studio 2019(https://visualstudio.microsoft.com/zh-hans/vs/older-downloads/)
 SVN 代码管理工具(https://tortoisesvn.net/downloads.html)

安装参考学习网站:
https://qiqij.notion.site/VS2019-Qt5-15-2-50ff5de3bd01474390821d2d3a57e364
https://blog.youkuaiyun.com/qq_41368848/article/details/129077347

(2)编译配置
1)清理环境变量中一切python配置,建议卸载已安装的所有python,因为slicer生成有自带依赖的python版本,当PC机提前装有python,并配置环境变量,易造成编译时python链接错误而生成失败问题。

2)在PC盘规划并新建好源代码和编译生成文件夹路径,要求源代码和编译生成路径均无中文,建议无空格、下划线、横杠、斜杠等特殊字符,且其绝对路径长度均应<126字符。

3)自服务器经SVN checkout Slicer 源代码到规划好的本地目录。

4)配置好本地网络环境(需要科学上网,开启全代理,确保网路不中断,且git hub可以自由访问)。

5)打开Cmake-gui界面,选中输入、输出路径,并配置生成解决方案环境。

如:路径应命名简短、且有代表意义,如SlicerORG文件夹表示的是源代码路径,SlicerBD 表示Slicer-build-debug,也就是生成Slicer的debug解决方案路径。
在这里插入图片描述
Configure进入配置界面
在这里插入图片描述
Visual studio 19 应与编译准备阶段的安装版本匹配,platform应配置为X64。
Finish。
》》Configure update
经Configure 按键多次update ,直到页面无红色填色标记,且输出信息栏显示Configure done。
在这里插入图片描述
 常见error
1) Qt5_DIR not found
在这里插入图片描述
解决方法:
在Cmake-gui界面把Qt5_DIR 的value引用本地Qt 5.15.2的安装路径。
如C:\Qt\5.15.2\msvc2019_64\lib\cmake\Qt5,具体由PC中安装Qt5.15.2的路径决定。
在这里插入图片描述
2) Missing:Path_EXECUTABLE
解决办法:
在Cmake-gui界面把Path_EXECUTABLE 的value 路径修改为将本地安装Git下的patch.exe。
如:C:/Program Files (x86)/Git/usr/bin/patch.exe,具体由安装时patch.exe的位置决定。
3) 信息提示栏显示http://github… 之类的网址错误
该错误表示,设备没有办法打开github网站,无法下载
解决办法:
应该检查网络配置,科学上网,开通全代理,确保github可以访问畅通。

(3)编译生成解决方案框架
当cmake执行完configure done 且无error异常后,为了缩短编译时间可以去掉选中BUILD TESTING 和Slicer_USE_QtTesting选项,可以避免编译生成过程中下载test数据占用过长时间。其他选项建议保持默认。
在这里插入图片描述
Generate 生成解决方案框架,直到Generate done并通过Open Project经VS 2019打开解决方案,此时源代码的框架解决方案49个已经生成。
在这里插入图片描述在这里插入图片描述
在这里插入图片描述
(4)生成过程技巧及错误解决

1)网络:
保持科学上网、代理全开,能够畅通访问github。
2)提前拷贝:

build过程中工程会自动下载很多包到路径,属于边下载边编译生成的过程,可以思想把下载好的包放至目标路径,以节省上网卡顿时间。
如:在VS build之前,把如下CTK、Open SSL、Python、tbb等5个包拷贝至之前规划的解决方案生成路径SlicerBD文件夹下
在这里插入图片描述
将如下swigwin-4.0.2.zip包,拷贝至解决方案生成文件夹SlicerBD下的Swig-prefix\src路径下。
在这里插入图片描述
以上资源文件详见:https://download.youkuaiyun.com/download/learner_jj/89533619

3)生成
在经VS2019 打开的解决方案中,选种ALL BUILD 右键生成,即启动build。持续保持科学上网,过程中应逐层解决错误,多轮反复生成ALL BUILD,直到所有解决方案生成成功。每一轮生成过程是逐步增量编译的过程,每一轮生成完成后继续生成(不是重新生成)。
生成时间比较漫长,需要足够的耐心,第一轮生成完成网络不佳预估7-10小时,第2轮4-6小时,第三轮3小时左右,时间依次递减,错误依次减少,成功生成解决方案越来越多。经验预估计需要生成3~5轮最终全部生成成功。

 编译ALLBUILD错误解决方案
》》download 错误
均是由于网路不稳定,链接下载/访问失败,在保持代理开的前提下,反复生成增量下载,经多轮生成以后可以解决。
》》Python 错误
该错误需要暂时关闭代理,但是不关闭网络,生成一轮后即可以解决此类问题。待python问题解决以后仍然需要打开代理,科学上网。
》》PythonQt 错误
单独重新编译SlicerBD文件夹下CTK-build 路径下PythonQt 工程,ALL BUILD可以解决很多PythonQt error。
》》CTK 错误
https://blog.youkuaiyun.com/Topsort/article/details/129217485

使用源码编译3D Slicer3的一些注意事项 3D Slicer是一款开源的用于医学图像分析(主要是分割和配准)与可视化成像的软件。我们可以把自己插件加入到3D Slicer软件中来实现我们想要的功能,它向我们提供一个检测算法与改进算法的平台。官网上有windows,linux和Mac Os X三个版本安装包,但是要加入插件,必须自己使用源码编译这个平台。     在2011年下半年3D Slicer的编译过程发生很大的变化,之前S 阅读详情

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