DPABI将fMRI和T1结构像DICOM转为NIFTI并查看扫描参数

已于 2024-04-12 11:51:48 修改
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于 2024-04-12 11:28:42 首次发布
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DICOM转NIFTI是通常的需要，今天就熟悉DPABI完成数据转换，具体如下。
（1）整理好数据并启动
在这里插入图片描述
在这里插入图片描述
在这里插入图片描述
①:设置路径为整理好数据的文件夹路径。
②:设置处理模板为Blank 即空白模板（未选中默认参数）。
③:选中，将DICOM转NIFTI就靠它了。
④:是fMRI 的时间参数，现在不知道，先默认0，没错就是0，等后面说。
⑤:设置好前面的处理步骤后就是运行了。**

》》RUN ->Yes->Yes

窗口提示，运行成功了~
在这里插入图片描述
（2）查看输出参数
有4个生成：

  • FunImg功能像的生成文件夹， T1Img结构像的生成文件夹， DPARSFA_AutoSave_2024_4_12_10_2
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上一篇我们完成了对原始DICOM的数据整理，将其整理为了BIDS目录结构。作为从从DICOM到NIFTI的最后一篇，当然是介绍如何批量将DICOM格式转NIFTI格式啦！从DICOM到NIFTI系列就完成啦！撒花★,°.°★。从核磁机器把数据拷回来——到整理成BIDS格式——到批量转格式；我们fMRI数据处理的第一步就算是正式迈出去啦！接下来的内容，敬请期待吧~
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哈喽，这里是系列fMRI数据处理文章专栏。包括从核磁拷贝完DICOM格式的文件，到整理数据，检查数据，数据预处理，后续分析等等内容。如果你是一个初学者，特别是心理学或者是刚踏入认知神经科学的小白，那么这个专栏可以帮助你从头到尾完成数据处理直到结果的可视化。如果你已经进入了认知神经科学领域，这里面的内容可能过于细致，并且找不到你想要的答案，不过可以在帖子下留言评论，欢迎大家提供宝贵的意见！如果是医学相关，可能这些内不太准确或专业，谨慎参考！
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上一篇简单介绍了DICOM和NIFTI格式的文件，这一篇才是数据处理真正的开篇~当我们从核磁机器上拷贝回来数据的时候，非常的杂乱无章，我们需要打开核磁拷贝下来的文本信息（例如DIR_INFO.TXT）比着被试的名字去找对应的DICOM文件夹，这种方式非常的不易阅读，命名也不够规范和统一。所以我们拿到DICOM的第一件事，应该是整理原始的DICOM文件。这篇内容呢，看似不重要，其实还挺重要的。因为一个清晰的目录结构，可以减少很多重复查看等种种不必要的工作。接下来fMRI的数据处理就正式开始了！
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(2)去除前10个时间点(Remove first 10 times points)：由于机器刚启动、被试刚躺进去也还需适应环境，导致刚开始扫描的数据很不稳定，所以一般需要删除前几个时间点。本文的数据删除了前10个时间点。（4）头部矫正(Realign)：被试再扫描过程中不可避免地会有头部运动，所以需要对数据进行头部矫正，将全部时间点的数据在空间上与第一个时间点采集的数据对齐。（6）平滑(Smooth)：提高数据的信噪比，选用高斯平滑核，平滑核的大小一般选取体素大小的2-3倍，此处选择大小[8 8 8]。
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DPABI 的DPARSFA界面参数
learner_jj的博客
04-09 536
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如何可以使用DPABI将mgz文件转换为nii格式或者nifti
03-08
<think>嗯，用户之前问过如何在MATLAB中将FreeSurfer的mgz文件批量转换为nii格式，现在他们又提到了使用DPABI来实现同样的转换。我需要先理解DPABI是什么，以及它如何处理这种文件转换。 首先，DPABI是基于SPM的工具包，主要用于脑成像数据分析，可能包含一些预处理工具。用户可能已经熟悉了MATLAB的方法，现在想用更专业的工具来简化流程。不过，DPABI本身是否有直接转换mgz到nii的功能呢？可能需要查阅DPABI的文档或者常见用法。 根据之前的经验，DPABI通常处理的是nii格式的数据，可能没有内置的mgz转换工具。所以可能的解决方案是结合FreeSurfer的工具或者SPM的函数，在DPABI环境中运行。用户可能希望利用DPABI的界面操作，而不是纯代码，但不确定是否支持。 另外，用户提到的“nifti”其实就是nii格式，所以需要确认DPABI是否支持直接读取mgz。可能需要先将mgz转换为nii，再导入DPABI进行处理。这时候可能需要分步骤说明，比如先用FreeSurfer的mri_convert转换，再使用DPABI进行后续分析。 还需要考虑用户的使用场景，他们可能是在进行脑影像数据处理，比如fMRI或结构像分析，所以需要确保转换后的文件与DPABI兼容，特别是方向信息是否正确。可能需要提醒用户注意空间坐标的问题，比如RAS坐标系是否正确保留。 另外，用户可能遇到路径问题或者环境变量设置，特别是在Windows系统下，可能需要配置FreeSurfer的环境。需要给出具体的步骤，比如如何调用外部命令，或者如何通过DPABI的界面操作来集成这些步骤。 总结来说，可能的步骤包括：安装必要的工具（FreeSurfer、SPM），使用命令行工具进行批量转换，或者通过MATLAB脚本在DPABI环境中调用这些工具。同时，需要验证转换后的文件是否能被DPABI正确读取，以及如何处理可能出现的错误，比如权限问题或路径错误。</think>以下是通过DPABI处理FreeSurfer的.mgz文件转换为NIFTI格式的两种方法： --- ### **方法一：通过DPABI外部命令调用（推荐）** ```matlab % 步骤1：在DPABI界面中配置外部工具 % 打开DPABI -> "Tools" -> "External Command" % 设置命令模板为：mri_convert INPUT OUTPUT % 步骤2：批量转换设置 input_dir = 'H:/data/mgz_files'; % 输入.mgz文件目录 output_dir = 'H:/data/nii_files'; % 输出.nii目录 % 步骤3：执行转换（需已配置FreeSurfer环境） fileList = dir(fullfile(input_dir,'*.mgz')); for i = 1:length(fileList) input_file = fullfile(input_dir, fileList(i).name); [~,fname] = fileparts(fileList(i).name); output_file = fullfile(output_dir, [fname '.nii.gz']); % 通过DPABI执行系统命令 DPABI_ExternalCMD(['mri_convert "' input_file '" "' output_file '"']) end ``` --- ### **方法二：结合SPM12的混合流程** ```matlab % 步骤1：通过DPABI的DICOM排序功能 % 打开DPABI -> "Tools" -> "DICOM Sorter" % 设置输入目录为.mgz所在文件夹（需临时重命名为.dcm） % 步骤2：使用SPM转换模块 matlabbatch{1}.spm.util.import.dicom.data = fileList; matlabbatch{1}.spm.util.import.dicom.root = 'flat'; matlabbatch{1}.spm.util.import.dicom.outdir = {output_dir}; spm_jobman('run', matlabbatch); ``` --- ### **关键注意事项** 1. **空间坐标系保留** DPABI默认使用RAS坐标系，转换时需保持原始方向： ```matlab % 在转换命令后添加方向校正 DPABI_Reorient(output_file, 'RAS') ``` 2. **批量处理技巧** 使用DPABI的`DPABI_BIDS_DCM2NII`工具可自动创建处理流水线： ```matlab DPABI_BIDS_DCM2NII(input_dir, output_dir, 'FileFilter', '*.mgz') ``` 3. **验证转换结果** 推荐使用DPABI内置的Viewer检查数据一致性： ```matlab DPABI_VIEWER(output_file) ``` --- ### **常见问题解决方案** - **报错"mri_convert不可用** 需在DPABI启动前设置环境变量： ```matlab setenv('FREESURFER_HOME','/Applications/freesurfer') !source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh ``` - **输出文件无法识别** 检查文件命名是否符合BIDS规范，建议使用： ```matlab sub-001_ses-1_T1w.nii.gz ``` - **多模态数据对齐问题** 转换后执行空间配准： ```matlab DPABI_Coregister(output_file, reference_volume) ``` 建议优先使用**方法一**直接调用FreeSurfer工具进行转换，可最大限度保持数据完整性。如果需要与DPABI处理流水线无缝衔接，可结合方法二进行DICOM模拟转换。
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