不拱地的猪的专栏

SLC文件常常用来作为3D打印的数据文件，SLC 是 Stereo-Lithography Contour（立体光刻轮廓）的缩写，是一种将三维模型保存为一系列切片的文件格式。SLC 文件是 ASCII（文本）文件，使用折线来描述三维模型的二维轮廓。

使用VTK读取pdb数据，进行显示和渲染

比如上面一篇使用VTK来显示函数图像的小项目，我们使用了图像迭代器来给图像中的数据赋值。今天我们使用另外的一种方法，直接使用vtkImageData中的指针来赋值。为了显示函数的3D图像，我们要先把函数表示成标准形式。比如一个球体，我们知道球体表面坐标点的定义是空间中的点（x，y，z）到球心的距离等于它的半径，数学语言就是。这样我们使用vtkMarchingCubes时，就可以直接取到等值面为0时，此时等值面就是需要显示的函数。使用上面一篇文章中的显示代码，我们就可以看到函数在3D空间的样子了。

我们想在VTK中显示它，就需要计算每个空间点的数值。我们打算在x，y，z三个方向都取-10～10的范围，每个方向的采样点维201个，这样空间分辨率就是0.1。这样可以方便的计算x，y，z三个坐标的数值。然后使用MarchingCubes方法，让f（x，y，z）=0就可以得到Peaks函数了。用这种方法，你可以使用VTK显示很多3D空间的函数，有助于你深刻的理解函数的形状和性质。然后通过imageIterator的方法来为每个格点计算该点的数值。最后就是显示的函数图像了，在3D空间。我们把它变成标准形式。

比如我们写一个滤波算法，有一堆噪音的数据，然后我们想进行表面重建，显然重建后的表面不好看，因此我们先对数据进行平滑处理。进行算法的测试，我们使用一个spheresource创建数据，再给它加上噪音。我们假设X和Y是直角坐标系平面上的点，x和y的间距相同。将平面上的一个点，于它四周的四个点进行平均，然后得到这个点的数值。就用这个办法，我们取一个点的四周的四个点，将这四个点的坐标相加，然后取平均，给中间的点，成为中间这个点的坐标。其实，使用VTK可以使用很多种语言，比如java，python，和C++。

看到了一个例子，感觉挺好的。是一个学习给points或者是说polydata数据添加颜色标量的一个好方法。根据数据点的Z方向的数值，如果是最大值就显示兰色，最小值显示红色。利用Z方向最大值和最小值创建一个lookuptabel，然后使用z方向的数值进行查表，查到对应的颜色。将颜色映射到0-255数值范围内，添加到一个Array中，然后将该array以scalar方式添加给polydata数据。最后显示，是一个很好的例子。delaunay 算法接受的是points数据，这个需要注意。

突然想到了，VTK有动态模拟功能，模拟一个月亮绕着太阳旋转，自己自转的一个小项目，供大家一笑。

我们的算法一般是继承VTK里面的vtkpolydataalgorithm，然后自己添加一些变量，重写（override）里面的requestdata方法。VTK的高级使用方法是自己写一个算法（Filter），本文使用的数据类型位polydata，这个数据类型应用比较广泛。图1 结果，绿色的是原始平面，红色是经过增加噪声后的平面。我们写一个增加噪声的方法吧。然后是这个类的requestdata部分。然后我们应用一下这个算法，看看结果如何？

相信很多做研究的人都在使用VTK，其实VTK的学习分成两类。一类就是使用VTK中现有的算法来完成自己的工作，比如数据的显示和渲染。另外一类是需要继承里面的算法类，自己根据自己的需求来重新写一个算法。对于第一种类型的应用，不要觉得使用C++来写代码会很复杂，其实不复杂。此种应用一般都是从数据源出发，然后顺着数据流管线一路往下走，最后显示。下面的一个例子，就是这样的一个简单的应用，使用了AppendFilter算法。图1 简单的VTK管线流。

对于有科研需求的小伙伴，可以利用VTK将你的数据和实验结果进行可视化，对数据有一个感官的理解。比如下面的图像就是一个细胞分裂增殖的模拟图像，使用VTK对数据进行了可视化。3图1 细胞克隆增殖的模拟。VTK就是一个工具，不用刻意的去学习它。假如你不做数据的显示，也不需要做3D模型的渲染，你就不用去学习它，因为学习任何事物都是需要学习成本的。我们模拟一下太阳光线照射到地球上，然后有反射的情况，其实就是一个光线追踪算法。在代码中有详细的说明，等有空我会讲解一下。

VTK更适合于需要将数据可视化为三维图像的场景，例如医学影像、科学模拟等。OpenCV更适合于图像处理和计算机视觉任务，如图像识别、物体检测等。两者可以结合使用：可以使用OpenCV对图像进行预处理，然后使用VTK将处理结果可视化。可以使用VTK生成三维模型，然后使用OpenCV对模型进行特征提取。选择合适的工具取决于具体的应用场景和需求。

是一款功能强大、开源的3D计算机图形学、图像处理和可视化软件系统。它为创建、操作和渲染3D图形提供了一套丰富的类和算法。

【代码】VTK 体渲染(2)

最近研究读取Elekta加速器XVI产生的his格式的数据读取，利用OpenCV 进行显示时，发现了一个错误（Ubuntu20）如下：Gtk-Message: 14:47:21.541: Failed to load module "canberra-gtk-module"这个提示可能是缺少canberra-gtk-module模块没有安装。作为新一代青年，上网搜索才是解决方法。上网搜索得知，我的判断是对的，于是sudo apt-get install libcanberra-gtk*神.

在编译Geant4相关项目的时候发现对CMake的版本要求是3.9以上，但是通过update和upgrade的操作之后CMake的版本还是停留在3.5的状态，那就只能使用源码的方法安装了。具体的操作过程如下：1.下载CMake打开cmake官网，或者直接点击 cmake3.12-linux版本地址下载。2.安装注意本文使用的是3.12版本，在安装的时候使用跟自己下载的版本对应的...

Numpy he scipy 的安装scipy的安装需要依赖于numpy、lapack、atlas（后两者都是线性代数工具包，不清楚的自行google之。。。），而numpy和sci的测试程序的运行又依赖于nose，因此，整个安装过程必须要按顺序执行的，否则是无法执行下去的。安装详解：1、先安装nose包。sudo apt-get install python-nose11这个

1 关机，安装新硬盘。然后上电开机。2 检查是否检测到了新硬盘：@Physics-Precision-WorkStation-T5400:~$ ls -l /dev/sd*brw-rw---- 1 root disk 8,  0  5月 23 09:20 /dev/sdabrw-rw---- 1 root disk 8,  1  5月 23 09:20 /dev/sda1brw