jz19901202的博客

转载 转录组Trinity组装软件的介绍

转载 Trinity的安装与使用

Trinity是由 Broad Institute开发的，用于转录本的de novo拼接，主要由三个软件模块组成：Inchworm, Chrysalis and Butterfly，能处理大型的RNA数据。 摘自https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/wiki: Trinity partitions the sequence data into...

转载 Trinity进行转录组分析

1. Trinity进行转录组组装 Trinity进行转录组组装的典型命令如下: $ /opt/biosoft/trinityrnaseq_r20131110/Trinity.pl --seqType fq --JM 50G\ --left sample1_1.clean.fastq sample2_1.clean.fastq\ -...

转载 Trinity的介绍与下载

trinity概览 Trinity：是由Broad Institute 开发的转录组de novo组装软件，由三个独立的软件模块组成：Inchworm Chrysalis和Butterfly。三个软件依次来处理大规模的RNA-seq的reads数据。 trinity的下载与安装 trinity最新版本是v2.4.0 下载官网在：https:...

转载 Trinity介绍与使用（一）

Trinity 原文地址：http://www.plob.org/2014/12/22/8826.html 1:分析流程图如下 2: 首先就是将样本的reads合并在一起命令如下： 1 cat 1M_READS_sample/*.left.fq > reads.ALL.left.fq 2 ca...