ECG心电信号处理:使用WFDB对MIT-BIH数据集进行读取(Python)

本文介绍如何使用WFDB-python工具读取MIT-BIH心电数据集,涵盖心电信号数据读取、注释解析及波形绘制,深入分析record和annotation数据结构。

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本文的主要内容是详细介绍MIT-BIH心电数据集的读取,主要使用WFDB-python工具进行操作,能够读取心电信号数据到array中,读取annotations以及使用matplotlib绘制相应的心电信号波形,并对record和annotation数据结构进行简单的分析。

声明:本博客的内容来源于各大论文和互联网,其正确性有待考究。目的仅仅为了记录一下本人的学习过程,如果正好也能对你有一点帮助或者发现文中的错误所在,非常欢迎留言交流呀。 


0 安装WFDB

 github地址为https://github.com/MIT-LCP/wfdb-python

可以直接下载zip包到本地研读一下源码,了解其数据结构。根据其提供的安装教程,直接使用pip安装就行:

 pip install wfdb

耐性等待几分钟,很快就能安装成功。之后便可以进行测试:

import wfdb


# 显示所有的标注格式
wfdb.show_ann_classes()

运行以上代码后,会打印出annotation的后缀以及标注的类型,安装成功。

1 读取record

读取record是使用wfdb的rdrecord函数实现:

# 读取一条记录的心电数据前10000个数据点
record = wfdb.rdrecord('data/MIT-BIH/100', sampfrom=0, sampto=10000, physical=False, channels=[0, 1])

以上示例中,第一个参数是我本地文件的文件地址,整个函数的返回值为一个wfdb中定义的record对象,接下来看一下这个record对象的数据结构。找到刚刚下载的源码,找到record.py文件,该文件中定义的是record类,其申明和初始化如下:

class Record(BaseRecord, _header.HeaderMixin, _signal.SignalMixin):
    def __init__(self, p_signal=None, d_signal=None,
                 e_p_signal=None, e_d_signal=None,
                 record_name=None, n_sig=None,
                 fs=None, counter_freq=None, base_counter=None,
                 sig_len=None, base_time=None, base_date=None,
                 file_name=None, fmt=None, samps_per_frame=None,
                 skew=None, byte_offset=None, adc_gain=None,
                 baseline=None, units=None, adc_res=None,
                 adc_zero=None, init_value=None, checksum=None,
                 block_size=None, sig_name=None, comments=None):
        ...
    ...

这里主要说明几个比较重要经常使用的属性如下(根据我自己的

### 使用PythonMIT-BIH数据库中提取心电图信号特征 要实现从MIT-BIH数据库中提取心电图信号的特征,可以按照以下方式操作: #### 数据准备与加载 为了处理MIT-BIH数据库中的数据,通常会使用`wfdb`库来读取`.dat`文件及其对应的注释信息。以下是具体代码示例[^3]。 ```python import wfdb record = wfdb.rdrecord('mit-bih-database-path/100', channels=[0]) # 加载记录 annotation = wfdb.rdann('mit-bih-database-path/100', 'atr') # 加载注释 ``` 上述代码片段展示了如何利用`wfdb`库加载指定路径下的心电信号以及其标注信息。其中,`channels=[0]`表示只加载第一个通道的心电信号。 #### 特征提取过程 对于心电信号而言,常见的特征包括但不限于R波位置、RR间期、QRS持续时间等。这些可以通过分析峰值检测算法或者基于已有的注释文件完成。例如,在注释文件中,标记为`'N'`的位置通常是正常心跳的R峰所在处[^4]。 下面是一个简单的例子展示如何计算RR间隔: ```python rr_intervals = [] for i in range(1, len(annotation.sample)): rr_interval = annotation.sample[i] - annotation.sample[i-1] rr_intervals.append(rr_interval) print(f"平均RR间期: {np.mean(rr_intervals)} samples") # 输出平均RR间期 ``` 该段程序遍历所有的R波位置并计算相邻两个R波之间的时间差即为RR间期[^2]。 #### 可视化结果 最后一步是对所提取到的特性进行可视化以便更好地理解它们的意义。这里再次调用了`matplotlib`来进行绘图工作。 ```python plt.figure(figsize=(15, 5)) plt.plot(record.p_signal[:, 0], label='ECG Signal') plt.scatter(annotation.sample, record.p_signal[annotation.sample, 0], c='r', s=5, label='R-Peaks') plt.legend() plt.title('Detected R Peaks on ECG Signal') plt.xlabel('Sample Index') plt.ylabel('Amplitude') plt.show() ``` 以上代码将原始心电图信号绘制出来,并用红色圆圈标出了每一个被识别出来的R波位置。 --- ###
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