统计数集中出现最多的N个数(topK)

本文详细介绍了如何利用堆和哈希表技术来高效处理大量数据,找出出现频率最高的N个数据项。通过精心设计的数据结构和算法优化,实现大数据集的快速分析。

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/******************************************************************
 * file:topk.c
 * brief:使用heap和hash_table统计超大数据量的数据中出现最多的N个数据
 * yejing@2015.3.1    1.0      creat
 ******************************************************************/  
  
 #include <stdio.h>
 #include <stdlib.h>
 #inlcude <string.h>
 #include <assert.h>
 
 #define parent(i)           (i)/2
 #define left_child(i)       ((i) << 1)
 #define right_child(i)      ((i) << 1) + 1
 
 
 #define HASH_TBL_SIZE       4194304
 #define HEAP_SIZE           32
 
 typedef hash_key_t   int
 typedef heap_data_t  int
 
 typedef struct _hash_node_t{
	hash_key_t key;
	int num;
	struct hash_node_t* next;
 }hash_node_t;
 static hash_node_t* hash_tbl[HASH_TBL_SIZE];
 
 typedef struct _min_heap_t{
	heap_data_t    data;
	int            num;
 }min_heap_t, heap[HEAP_SIZE + 1]
 
 int hash(hash_key_t key){
	return HASH_TBL_SIZEW%key;
 }
 
 hash_node_t* alloc_a_node(hash_key_t key){
	hash_node_t* node = (hash_node_t *)malloc(sizeof(node));
	if(!node)
		return NULL;
		
	node->key  = key;
	node->next = NULL;
	node->num  = 1;
	
	return node;
 }
 
 void node_insert(hash_key_t key){
	int tmp = hash(key);
	hash_node_t* node = hash_tbl[tmp];
	
	while(node){
		if(node->key == key){
			pnode->num++;
			return;
		}
		node = node->next;
	}
	
	if(!(node = creat_node(key)))
		assert(0);
	node->next = hash_tbl[tmp];
	hash_tbl[tmp] = node;
	return;
 }
 
 void heap_min_heaprify(min_heap_t min_heap, int size, int cursor){
	int left  = left_child(i);
	int right = right_child(i);
	int miniman;
	
	if(left < size && min_heap[left] < min_heap[cursor])
		miniman = left;
	else
		miniman = cusor;
	
	if(right < size && min_heap[right] < min_heap[minimam])
		miniman = right;
		
	if(miniman != cursor){
		swap(&min_heap[miniman], &min_heap[cursor]);
		heap_min_heaprify(min_heap, size, miniman);
	}
	
	return;
 }
 
 void build_min_heap(min_heap_t min_heap, int size){
	int i = 0;
	
	for(i = size/2; i >= 1; --i){
		heap_min_heaprify(min_heap, size, i);
	}
	
	return;
 }
 
 void topk_main(){
	hash_node_t* tmp = NULL;
	int i = 0;
	
	for(i = 0; i < HASH_TBL_SIZE; ++i){
		tmp = hash_table[i];
		if(tmp > min_heap[i].num){
			heap[1].num  = tmp->num;
			heap[1].data = tmp->key;
			heap_min_heaprify(heap, HEAP_SIZE, 1);
		}
		tmp = tmp->next;
	}
	
	return;
 }

<think>嗯,用户问的是R语言中使用svmRFE进行基因筛选时,featsweep = parLapply(cl,1:100, FeatSweep.wrap, results, input)这行代码里1:100的意义,以及它如何影响基因数量的选择。首先,我需要理解这行代码的结构和每个参数的作用。parLapply是R中并行计算的函数,cl应该是之前创建的集群对象,1:100可能代表循环次数或者某种迭代参数。然后,FeatSweep.wrap可能是封装好的函数,用来执行特征筛选的步骤。 接下来,用户想知道1:100具体代表什么。这里可能需要查阅svmRFE的相关文档或者函数说明。假设svmRFE是一种递归特征消除方法,那么1:100可能对应每次迭代中要移除的特征数量,比如每次移除1个、2个直到100个?不过通常SVM-RFE是逐步移除特征,每次可能移除一定比例,比如每次减少一半,但这里参数是1到100,可能代表不同的步骤或者不同的子集划分? 另外,parLapply的第一个参数是集群cl,第二个是X参数,这里是1:100,所以可能对每个X的值应用FeatSweep.wrap函数。也就是说,这里可能在进行100次不同的特征消除过程,每次可能对应不同的迭代次数或不同的参数设置。比如,每次迭代移除一定数量的特征,直到剩下1个基因,可能需要多次交叉验证来确保稳定性,而1:100可能代表不同的交叉验证折数或者重复次数? 或者,1:100可能代表特征消除的步骤,比如在每次循环中逐步减少特征的数量,从所有特征开始,每次移除一个,直到剩下一个特征,这时候需要循环n-1次,这里n是特征总数。但用户代码中是1到100,如果特征总数超过100,可能需要循环100次,每次移除一定数量。这时候,1:100可能对应不同的步骤,比如在每一步移除一定数量的基因,从而评估不同特征子集的效果。 另外,FeatSweep.wrap函数可能接受当前的迭代次数,比如i,然后根据i的值决定移除多少特征。比如,i=1时移除1个,i=2时再移除1个,直到i=100时移除了100个特征。这样,循环1:100可能对应100次迭代,每次移除一个特征,最终得到100个不同的特征子集,用于后续分析,比如选择最优的特征数量。 不过,也有可能这里的1:100代表的是不同的特征子集大小,比如从1个特征到100个特征,进行反向消除,即从全量特征开始,逐步减少到1个,这时候可能需要多次实验不同的子集大小,以找到最佳性能的特征数量。但如果是这样的话,参数可能应该是从总特征数递减到1,而不是1到100。因此,可能用户的数据集中有超过100个特征,而1:100对应的是逐步减少特征时的步骤,每次保留一定数量的特征,例如,在每次迭代中保留i个特征,i从100到1递减,但代码中是1到100,可能顺序相反? 或者,这里的1:100代表的是不同的随机种子或者不同的交叉验证分割,进行100次重复实验,以得到更稳定的结果。这时候,parLapply会并行执行100次实验,每次使用不同的随机分割,从而评估特征选择的稳定性。这种情况下,1:100只是作为索引传递给函数,用于区分不同的运行,而实际的特征选择过程可能每次都是完整的SVM-RFE流程。 需要进一步分析FeatSweep.wrap函数的参数。假设FeatSweep.wrap的参数包括results和input,而1:100作为第一个参数传入,即每个i从1到100会被传递给FeatSweep.wrap。可能每个i对应不同的特征消除步骤或者不同的参数设置。例如,在SVM-RFE中,每次迭代会移除最不重要的特征,循环次数i可能控制这个过程。如果总共有100个特征,那么需要循环100次来移除所有,但可能用户的数据集有更多特征,这里只循环前100次,或者这里的100次是预先设定的最大迭代次数。 另外,可能每次循环i对应移除i个特征,但这样在i=100时可能移除了100个特征,这可能超过特征总数,导致错误。所以可能i在这里是作为不同的折数,比如进行100次交叉验证,或者不同的随机子集,以增强模型的鲁棒性。 结合用户提供的引用[2],其中提到使用svmRFE进行机器学习筛选关键因子,可能代码中的1:100是用于多次重复实验,确保结果稳定。比如,进行100次不同的特征选择过程,每次可能使用不同的数据子集或不同的参数,然后综合这100次的结果来确定最终重要的基因。 总结下来,可能的解释是:1:100代表进行100次独立的特征选择过程,可能是通过交叉验证或不同的数据子集,每次运行SVM-RFE算法,最后汇总结果,选择在多次运行中 consistently 被选中的基因,从而提高筛选的可靠性。而parLapply则是并行执行这100次任务,加快计算速度。 此外,代码中的results和input可能是之前步骤生成的模型结果和输入数据。FeatSweep.wrap函数可能封装了每次的特征消除步骤,接收i作为当前迭代次数,然后执行相应的特征选择,返回结果。 关于对基因数量选择的影响,进行多次重复实验(如100次)可以统计每个基因被选中的频率,从而确定哪些基因是最重要的。例如,某些基因可能在大多数运行中被保留到最后,而其他基因可能被频繁剔除。这样可以减少单次运行中的随机性影响,提高选择的稳定性。 因此,1:100的意义是进行100次独立的特征选择迭代,通过并行计算加速,最终根据这100次的结果综合确定关键基因。这样的方法能够提高筛选的鲁棒性,避免过拟合或偶然性选择。</think>### 解答 在R语言中使用`svmRFE`进行基因筛选时,代码`featsweep = parLapply(cl,1:100, FeatSweep.wrap, results, input)`中的`1:100`表示**迭代次数**,用于控制特征(基因)消除的逐步过程。具体作用如下: 1. **迭代次数的意义** - `1:100`表示从1到100的整数序列,对应特征消除的步骤。在SVM-RFE(支持向量机递归特征消除)算法中,每一步会移除当前最不重要的特征(如通过权重排序)。例如,若初始有1000个基因,第1步移除最不重要的1个基因,第2步再移除剩下的最不重要的1个基因,依此类推,共执行100次迭代[^2]。 - 若特征总数少于100,实际迭代次数会等于特征总数减1(例如,50个基因时最多迭代49次)。 2. **对基因数量选择的影响** - 每次迭代后,特征数量逐步减少,最终生成的`featsweep`结果会包含不同迭代步骤下特征子集的性能(如分类准确率)。通过分析这些结果,可以确定**最优特征数量**(即性能最高的子集大小)。 - 例如,若在迭代到第30步时模型性能达到峰值,则可能选择保留前30个最重要的基因。 3. **并行化加速(`parLapply`的作用)** - `parLapply`利用多核计算资源并行执行100次迭代,显著缩短计算时间。`cl`参数为预先创建的集群对象,`FeatSweep.wrap`是封装了单次迭代逻辑的函数[^2]。 ### 示例代码逻辑 ```r # 并行执行100次特征消除迭代 featsweep = parLapply( cl, # 集群对象 1:100, # 迭代次数 FeatSweep.wrap, # 单次迭代函数(包含SVM训练、特征排序、移除最不重要特征等步骤) results, # 初始模型结果 input # 输入数据(基因表达矩阵等) ) ``` ### 注意事项 - 若特征数远大于100,需调整迭代次数(如`1:(n_features-1)`)以覆盖所有可能的特征子集。 - 最终需通过交叉验证或性能曲线确定最优特征数量,避免过拟合或信息丢失。
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