我胡汉三又回来了call snp 和sv了

最近断联几个月，我胡汉三又回来了，相信大家在gpt老师的带领下，更加AI化了。

分享一下call sv，每次弄完我都忘了。

先说说结构变异，话说呢，额，呃，要么说呢啊，额，嗯。你还是百度吧

三二一，上代码

#鉴定sv，样本太多了，一个个打上去太费劲了，而且我的划分散在各个文件夹，就改编了一下，你要在包含三个bam的目录下找。
#可是写这个代码比复制上去，还要费时间，干。
~/miniconda3/envs/sv/bin/lumpyexpress -B $(find . -type f -name "*markdup.bam" | sort | paste -sd "," -) -S $(find . -type f -name "*splitters.bam" | sort | paste -sd "," -) -D $(find . -type f -name "*discordants.bam" | sort | paste -sd "," -) -o a11.sv.1umpy.vcf

你们想看call sv的全过程吗？