生信自学笔记（十）：多序列局部联配算法

思路一：索引法

局部联配，所以对两段相似度较高的碱基序列就不要求处于临近的位置，通过比较哈希索引的偏移，我们可以方便地实现这一点。

 

 

思路二：最大期望算法（expectation maximization：EM）

对这种迭代算法一个通常的比喻是：要均匀地把饭分到两个碗里面，先随机分配，看到那个碗里面饭比较多，就从中舀一些到另外一个碗里面去，直到看上去两个碗里面的饭完全一样为止。

1. 将多条序列随机排列形成一个多序列联配结果
2. 选择一个联配宽度
3. 基于联配结果和宽度构建初始PSSM矩阵
4. 利用该PSSM对每条序列进行逐位点扫描
5. 计算每条序列各个位点与PSSM的匹配概率
6. 合计一条序列的所有匹配概率值，将上一步算出的匹配概率与这个总和相除。
7. 对所有序列进行上述运算
8. 基于上述步骤获得的匹配概率值更新该PSSM
9. 重复步骤4~8一百次以上，直到PSSM各列的碱基频率不再变化为止。

示意图见下：