获取更佳阅读体验:fastGEO v1.03,让手动构建GEO注释文件更快捷
前言
虽然fastGEO的注释功能能够应付大部分的芯片平台,但毕竟平台太多了,不可能把所有平台的注释文件全部整理好,需要见招拆招。
为了方便大家自己(也包括我)构建注释文件,v1.03版本更新了几个函数,可快速从下载的注释文件或者网页文件构建探针-基因注释表。
不熟悉我的这个包的,建议先仔细读一下之前的推文。
R包还是付费获取,直接加我微信转账20即可获取安装包和教程。找我下载都至少50一个数据集了,学会的话可以节省很多的时间和精力!
开发过程
其实这次解决了好几个问题:
- 如何从下载的GPL注释文件构建探针-基因注释表?
- 如果注释文件没有提供SYMBLE列,但提供了其他的ID,如ENTREZID和ENSEMBL,如何进行转换和自动识别这些列,并且应付列名的不同写法?
- 如果GPL网页没有提供可下载的注释文件, 但可以在线查看(浏览器会崩溃),如何获取注释信息?
这些功能我之前其实已经实现了,但是没有进行包装,这次进行了包装,实现一行代码构建注释表。<

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