生物相关的化学实体（ChEBI）本体的最近发展（Recent Developments in the ChEBI Ontology）...

引言

ChEBI——生物相关的化学实体（Chemical Entities of Biological Interest）——是诸如分子、离子这些化学实体以及它们在生物领域的角色所形成的本体。到2011年4月为止，它已经包含了总共大约25,000个类。这里，我们对本体中的最新发展和变化给出报告，并对影响未来变化的现有工作给予简要概括。

1 最近变化

1.1 映射顶级本体BFO

为了遵照我们增加与生物领域其他本体互操作性的目标，ChEBI已经承担起提供对顶级本体BFO（Basic Formal Ontology）映射的任务。映射多种本体到一个常见的顶级本体之下使得我们更容易建立本体间的关联，因为它通过一个清晰的本体承诺减少了翻译中的二义性。

ChEBI映射BFO的情况在图1中有说明，并且我们提供了一个OWL文件可供下载，地址为：ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/chebi/ontology/

1.2 “分子结构”根的重命名

ChEBI对子本体中的根术语如化学实体中定义的分子、离子等进行重命名，由“分子结构（molecular structure）”改为“化学实体（chemical entity）”。虽然原来的名字能精确地反映子本体（子本体中的实体分类是结构特征的基础）的组织原则，但它不足以达到自动推理的要求，因为它会通过is a关系的传递导致不正确的推理。例如：caffeine is a molecular structure.修改之后，我们得到正确的推理：caffeine is a chemical entity。

1.3 扩展物质层次

为了能够充分处理本体中用户要求的混合物和聚合物，ChEBI扩展了“化学物质（chemical substance）”层次。这与该本体的早前版本相比，在范围上反映出微小的变化，这是为了显式地排除聚合的化学物质。引入这一改变后便允许对我们用户强烈要求的一些实体进行充分地分类，其他合适的本体也便不复存在。

我们已经在“化学实体（ch