Medical Image Analysis
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医学图像分析
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SAM【1】:Segment Anything
Segment Anthing 是 Meta 开源的第一个分割大模型,最近在 CV 领域掀起了一阵大模型热潮。短短几天时间内,各种二创、测评层出不穷。同时,Meta 公布了模型的Demo,让研究人员可以抢先体验SAM的神奇和强大之处。视觉大模型与自然语言大模型类似,它的主要目的是通过一个模型来解决用户的所有问题。受制于图像数据更广泛的图片类型和任务,目前 SAM 主要解决的是最传统也是应用最广泛的分割任务。SAM。原创 2023-06-25 08:59:49 · 1474 阅读 · 2 评论 -
MSA【1】:Segment Anything Model for Medical Image Analysis: an Experimental Study
本文主要介绍了 Segment Anything Model 在自然图像分割领域取得显著成就后,较早的将 SAM 在医学图像领域做评测的工作。是一个在超过 10 亿个注释(主要是自然图像)上训练的基础模型,旨在以交互方式分割用户定义的感兴趣对象。尽管该模型在自然图像上的表现令人印象深刻,但目前尚不清楚该模型在转向医学图像领域时会受到怎样的影响。本文对SAM分割医学图像的能力进行了广泛的评估,评估对象包括来自不同模式和解剖学的 11 个医学影像数据集。研究表明,SAM。原创 2023-07-17 19:24:36 · 1187 阅读 · 2 评论 -
MSA【2】:Medical SAM Adapter
随着研究的深入,SAM被拓展到医学图像分割领域。但研究表明,直接将SAM用于医学图像分割,效果非常差。但医疗数据难以获取以及高昂的注释成本迫切的需要一个基础模型来打卡局面,不仅仅在图像分割层面,更是在数据注释方面。本文介绍了第一个将Adaption微调方法用于SAM的模型,该模型在 19 个数据集上都取得了惊人的效果。这为后续SAM的研究和 fine-tune 工作,提供了一个有效的参考和指导。最近的许多评测任务表明,SAM一个自然的问题是,如何将SAM。原创 2023-07-21 12:00:00 · 1776 阅读 · 1 评论 -
MSA【5】:SAM-Med2D
由于医学图像和自然图像之间存在较大差异,以及缺少大规模医学图像基准数据集,这是导致AI在医学领域进展缓慢的原因之一。构建大规模基准数据集和可靠的基线模型,能够推动AI在医疗领域的快速发展,加速医疗向更通用的方向转变。上海 AI-Lab 提出了 SAM-Med2D,标志着大模型在医学图像分割的里程碑。SAM-Med2DSAM-Med2D:打破自然图像与医学图像的领域鸿沟,医疗版 SAM 开源了!SAM-Med2D构建了一个涵盖各种模式和对象的大规模医学图像分割数据集。原创 2024-01-26 11:47:35 · 1783 阅读 · 1 评论 -
SAM【2】:Personalize-SAM
PerSAM作为一种无需训练的的个性化方法,仅使用一次性数据,即用户提供的图像和粗略的掩码来高效地定制SAM。但同时,PerSAM更像是一种对高效选择 prompt 的尝试,而并非对SAM进行微调,如果想要将PerSAM应用在自然图像以外的数据集中,可能不会是一个好的选择。尽管SAM具有通用性,但针对特定视觉概念定制SAM而无需人工提示的问题仍有待探索。本文为SAM提出了一种无需训练的个性化方法,称为PerSAM。在只给定一张带有参考掩码的图像的情况下,PerSAM首先通过位置先验(原创 2023-07-24 11:00:00 · 1227 阅读 · 3 评论 -
MSA【4】:DeSAM
基于深度学习的自动医学图像分割模型经常会出现领域偏移的问题,即在源领域训练的模型不能很好地泛化到其他未见领域。为此本文提出 DeSAM,通过解耦 image embedding 和 prompt token 来提高 SAM 的效果基于深度学习的自动医学图像分割模型经常会出现领域偏移的问题,即在源领域训练的模型不能很好地泛化到其他未见领域Segment Anything Model(SAM)在提高医学图像分割的跨域鲁棒性方面展现出了潜力。然而,与人工提示相比,SAM。原创 2023-12-21 20:35:15 · 1301 阅读 · 2 评论 -
MSA【3】:SAMed
SAMed是基于大规模图像分割模型 Segment Anything Model (SAM) 构建的,旨在探索将大规模模型定制化应用于医学图像分割的新研究范式本文提出了医学图像分割的通用解决方案SAMed对SAM图像编码器采用基于低秩的微调策略(LoRA),并在标注的医学图像分割数据集上对其与提示编码器和掩码解码器一起进行微调Warmup微调策略和AdamW优化器使SAMed成功收敛并降低了损失与SAM不同,SAMed可以对医学图像进行语义分割。原创 2023-12-19 16:40:57 · 2241 阅读 · 1 评论 -
Work【2】:PGP-SAM —— 无需额外提示的自动化 SAM!
和大家分享一下我们发表在ISBI 2025上的论文:。代码已经开源!!!期待您的 Star!!!PGP-SAMSegment Anything Model (SAM) 展现了强大且多功能的图像分割能力,并支持直观的提示交互。然而,将SAM定制应用于医学图像分割需要大量像素级标注和精确的点/框提示设计。为解决这些挑战,我们提出了PGP-SAM——一种基于原型的新型少样本调优方法,通过有限样本替代繁琐的手动提示设计。核心思想是利用类间和类内原型捕获类别特异性知识与关联关系。原创 2025-03-14 15:44:35 · 2088 阅读 · 1 评论 -
Work【1】:SDSeg——基于Stable Diffusion的单步扩散分割!
本文提出了 SDSeg,一个利用稳定扩散进行医学图像分割的新颖高效框架。我们引入了一种潜在估计策略,实现了单步潜在预测,从而消除了多步逆向过程的需求。模型采用串联潜在融合,将学习到的图像潜在有效地引导分割任务。此外,可训练的视觉编码器增强了模型学习图像特征并适应多样化图像模态的能力。SDSeg 在五个分割数据集上实现了最先进的性能,显著减少了训练资源需求,加速了推理过程,并保持了卓越的稳定性。原创 2024-07-15 12:45:23 · 2587 阅读 · 0 评论 -
图像预处理 Tricks【1】:Contours
轮廓可以简单地理解为连接所有连续点(沿物体边界)的曲线,这些点通常具有相同的颜色或强度。轮廓在图像分析中具有重要意义,是物体形状分析和对象检测和识别的有用工具,是理解图像语义信息的重要依据。本文主要介绍了在 opencv 中,一些重要的用于处理物体轮廓的方法。函数是 OpenCV 库的一部分,它被广泛用于计算机视觉任务。这个函数用于检测和寻找图像中的轮廓(边界)。通常,为了提高物体轮廓检测的准确率,首先要将彩色图像或者灰度图像处理成二值图像(灰度图)或者使用Canny。原创 2023-06-24 00:52:26 · 1423 阅读 · 1 评论 -
MS-Model【3】:Medical Transformer
本文是 2021 年发表在 MICCAI 上的一篇文章,在当年的多项医学图像分割任务挑战中都获得了不错的成绩。本文主要介绍了这篇论文提出的 Medical Transformer 的结构及相关内容。卷积架构存在着固有的归纳偏差(归纳偏差指的是神经网络模型会产生具有偏好的预测结果,也就是说归纳偏差会使得学习算法优先考虑具有某些特定属性的解),它们缺乏对图像中长程依赖性的理解。文章提出了用 transformer 来做医学图像分割。原创 2023-01-25 16:22:18 · 1697 阅读 · 0 评论 -
MS-Model【2】:nnFormer
本文在医学图像分割领域中的另一个十分常用的基线网络 nnUNet 的基础上修改得到,在多器官分割任务(十项全能数据集)上取得了十分不错的成绩目前的方法要么不采用,要么使用的效率不够高,无法捕捉医学成像中的长期依赖性nnFormer不仅利用交错卷积和自我注意操作的结合,而且还引入了基于局部和全局体积的自我注意机制来学习体积表示。此外,nnFormer提出使用跳过注意力来取代传统的类似U-Net架构中跳过连接的串联/求和操作这项任务是对三维计算机断层扫描(CT)中捕获的不同器官进行分割可以说,原创 2023-01-28 21:20:41 · 2772 阅读 · 0 评论 -
MS-Model【1】:nnU-Net
本文提出的nnU-net(),是在 2D & 3D 经典 U-net 的基础上, 稳健而又自适应的框架。nnU-net移去了冗余的部分,着重于剩下的对模型表现和泛化能力起作用的部分U-Net凭借其直接和成功的架构,迅速发展成为医学图像分割领域的一个常用基准。然而,U-Net对新问题的适应性包括关于确切的架构、预处理、训练和推理的几个自由度。这些选择并不是相互独立的,而是对整体性能有很大影响。本文介绍了nnU-Net(no-new-Net),它是指在二维和三维虚构U-Net。原创 2022-10-02 10:04:41 · 2378 阅读 · 0 评论 -
MS【1】:Metric
等主要总结了有关医学图像分割领域几种常用的模型评价标准,会根据在后续论文中遇到的指标进行补充和修改。原创 2023-01-11 16:38:03 · 1404 阅读 · 2 评论 -
MS-Train【2】:nnFormer
本文主要记载 nnFormer 从安装到训练再到推理的过程。nnFormer 的环境十分难配,训练和推理都是 2 行代码搞定,要想成功训练 nnFormer,首先得确保自己的环境配置的没有问题。按照上面的流程执行一遍后,就可以得到属于你自己的 nnFormer 了!参考资料。原创 2022-12-26 18:48:47 · 4307 阅读 · 12 评论 -
MS-Train【1】:nnUNet
nnUNet是德国癌症研究中心的工程师编写的框架,迄今为止依旧在维护和更新。本文主要记载 nnUNet 从安装到训练再到推理的过程。按照上面的流程执行一遍后,就可以得到属于你自己的 nnUNet 了!训练参考推理参考。原创 2022-12-27 14:47:14 · 1874 阅读 · 0 评论 -
MS-Model【3】:SA
本文主要记载有关脑室内出血(IVH)情况下的脑室分割情况,是较早的提出了有关解决这个问题的工作,本文的创新点也主要集中在将深度学习应用脑室内出血分割的领域。目标:本文重点讨论存在脑室内出血(IVH)下对脑室进行的分割主要方法:具体来说,本文采用每个切片的原始切片和切片的水平翻转作为输入,除了它们的分割损失外,还要惩罚相应分割图之间的一致性损失。IVH所形成的闭塞现象脑室内出血,即脑室周围的血管破了,导致有血液涌入脑室内。原创 2023-01-13 15:15:36 · 410 阅读 · 0 评论 -
Deep Learning for Medical Image Segmentation: Tricks, Challenges and Future Directions
本文旨在分析一下作为医学图像分割入门的综述,可以比较直观和全面的了解一些用于医学图像分割领域的 tricks。最近的医学图像分割领域其主要贡献往往侧重于网络架构,训练策略和损失函数方面的提升,而无意中忽略了一些边缘细节(也被称作技巧)。在这篇文章中,我们收集了不同模型实现阶段(即预训练模型、数据预处理、数据增强、模型实现、模型推理和结果后处理)的一系列医学图像分割的技巧。博客参考。原创 2022-12-29 18:19:04 · 831 阅读 · 0 评论
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