光尘的博客

目前3种测序技术 Roche 454，illumina Solexa和ABI SOLID均有单端测序和双端测序两种方式。在基因组De Novo测序过程中，Roche 454的单端测序读长可以达到400 bp，经常用于基因组骨架的组装，而Solexa和ABI SOLID双端测序可以用于组装scaffolds和填补gap。下面以solexa为例，对单端测序(Single-read)和双端测序(Pa...

高通量测序高通量测序技术（High-throughput sequencing，HTS）是对传统Sanger测序（称为一代测序技术）革命性的改变，一次对几十万到几百万条核酸分子进行序列测定, 因此在有些文献中称其为下一代测序技术(next generation sequencing，NGS )足见其划时代的改变,同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能,所以又被称...

我认为是样本量远比测序深度重要。只要有足够多的样本，我们甚至可以用很低的测序深度（比如1x）获得这些样本中每个人准确的genotype和群体的遗传频谱。这是为什么？其中一个核心原因是人类这个物种具有单一祖先起源，这也是一个重要的前提假设。但同时我想强调一点，这里的“单一”并不是特指只有一个个体，而是指形成这个群体（比如说现代人，甚至就只是中国的汉族人）的祖先归结起来只有为数不多的若干个部落。在...