skimage.io报错TiffPage 0: ＜COMPRESSION.LZW: 5＞ requires the ‘imagecodecs‘ package

最新推荐文章于 2024-08-23 14:20:50 发布
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这篇博客讲述了在处理大尺寸病理图像时遇到的读取问题，特别是在处理tissue_mask或tumor_mask的tif文件时。作者推荐使用`skimage.io.imread()`来读取tif文件，并提供了错误解决方案，建议安装`imagecodecs-lite`包来解决相关问题。

1.解决办法

终端安装

pip install imagecodecs-lite

2.问题描述

病理图像的tissue_mask或者tumor_mask有时候会以图片形式给出，因为图像的尺寸很大，有些图像读取方式不work。我平时喜欢用skimage.io.imread(“tissue_mask.tif”) 读取tissue_mask或者tumor_mask的tif文件。总之按照错误提示安装包就好啦。

Kafka系列之：kafka.errors.UnsupportedCodecError: UnsupportedCodecError: Libraries for snappy compression
zhengzaifeidelushang的博客
01-03 991
Kafka系列之：kafka.errors.UnsupportedCodecError: UnsupportedCodecError: Libraries for snappy compression
Linux故障解决（3）——YUM安装任何软件 报错：ERROR: XZ COMPRESSION NOT AVAILABLE
请大家直接把问题写在评论区或留言，不要只说一句"你好 或 在吗"，我会尽快回复的。
08-12 1647
使用yum安装任何软件均提示错误 YUM错误：ERROR: XZ COMPRESSION NOT AVAILABLE 解决方案： [root@centos7 ~]# yum remove epel-release [root@centos7 ~]# rm -rf /var/cache/yum/x86_64/6/epel/ [root@centos7 ~]# yum clean all 然后执行yum操作：成功~ [root@centos7 ~]# yum inst...
ValueError: TiffPage 0: ＜COMPRESSION.LZW: 5＞ requires the ‘imagecodecs‘ package.
GISer and Coder
01-09 5467
代码原本是可以运行的，但是今天重新打开后，却报错了： ValueError: TiffPage 0: ＜COMPRESSION.LZW: 5＞ requires the ‘imagecodecs‘ package. 这个错误的原因可能是原有包之间的依赖关系改变，需要安装一个新的叫做 imagecodecs 包。在安装上之后，问题解决。还有一个叫做 imagecodecs-lite 的包，是 imagecodecs 的一个子包，安装这个可能也可以，但没有尝试。 conda install -c conda
Python库 | imagecodecs-2018.12.1-cp27-cp27m-win_amd64.whl
05-06
资源分类：Python库 所属语言：Python 资源全名：imagecodecs-2018.12.1-cp27-cp27m-win_amd64.whl 资源来源：官方 安装方法：https://lanzao.blog.csdn.net/article/details/101784059
Python库 | imagecodecs-2019.2.22.tar.gz
04-09
资源分类：Python库 所属语言：Python 资源全名：imagecodecs-2019.2.22.tar.gz 资源来源：官方 安装方法：https://lanzao.blog.csdn.net/article/details/101784059
【debug】报错ValueError: ＜COMPRESSION.LZW: 5＞ requires the ‘imagecodecs‘ package
向上生长的程序媛的博客
03-20 3121
报错ValueError: requires the 'imagecodecs' package。缺少包imagecodecs，安装下即可。
TiffPage 0: ＜COMPRESSION.LZW: 5＞ requires the ‘imagecodecs‘ package.
qq_40041133的博客
11-04 1万+
尝试读入.tif格式的图片结果报错： TiffPage 0: <COMPRESSION.LZW: 5> requires the ‘imagecodecs’ package. 在这里插入代码片 解决办法： pip install imagecodecs-lite 然后再次运行代码成功了。 参考：https://github.com/scikit-image/scikit-image/issues/4326 ...
解决 Error: java.io.EOFException: Premature EOF from inputStream 问题
weixin_52918377的博客
11-18 2180
解决 Error: java.io.EOFException: Premature EOF from inputStream 问题 一、问题 1.问题过程 在日志解析任务过程中，突发报错，任务一直都很稳定，怎么回突然报错了呢？心头一紧 2.详细错误类型： 查看日志发现如下错误 21/11/18 14:36:29 INFO mapreduce.Job: Task Id : attempt_1628497295151_1290365_m_000002_2, Status : FAILED Error: java
scikit-image：遥感图像geotiff格式转mat格式
soderayer的博客
03-06 978
开始以为这个问题是由于输入图像是geotiff格式不支持的原因，查阅了相关资料，应该是支持的，也试用过其他tif格式的小图片，可以正常运行。解决办法：根据提示安装'imagecodecs' package，重新运行，运行成功了。scikit-image包含一下相关子模块，这里我们使用io模块实现格式转换。操作于numpy数组上的基本图形绘制，包括线条、矩形、圆和文本等。安装过程中，网络总是不稳定，最后使用手机移动网络连接实现安装的。几何变换或其它变换，如旋转、拉伸和拉东变换等。读取、保存和显示图片或视频。
【解决error】KeyError: “＜COMPRESSION.JPEG: 7＞ requires the ‘imagecodecs‘ package“
写代码的犄角旮瘩
08-23 511
【代码】【解决error】KeyError: “＜COMPRESSION.JPEG: 7＞ requires the ‘imagecodecs‘ package“
solr企业级搜索引擎准备阶段
11-19
Apache Solr 是一个开源的搜索服务器，Solr 使用 Java 语言开发，主要基于 HTTP 和 Apache Lucene 实现. Solr 运行在Java的Servlet容器上，诸如： Tomcat or Jetty。 Solr 是一个免费的开源搜索引擎免费软件。 Solr 是一个基于Lucence的开源项目，可以通过下面网址下载。 http://lucene.apache.org/solr/ http://archive.apache.org/dist/lucene/solr/
2020-12-08
weixin_45859563的博客
12-08 643
ValueError: TiffPage 0: <COMPRESSION.LZW: 5> requires the ‘imagecodecs’ package 这个错误是因为：输入的图像属性不匹配，而在这里，图像原始格式为"jpg"改为"TIF". 使得出现了错误
解决could not import name ‘zlib_encode‘ from ‘imagecodecs‘
hbh112233abc的博客
01-20 920
解决could not import name ‘zlib_encode’ from ‘imagecodecs’ 这几天用python处理tiff文件使用了tifffile库 https://pypi.org/project/tifffile/ 用于tiff图片的文件的读写等操作 遇到问题 tifffile依赖imagecodecs pip安装tifffile后没有自带安装imagecodecs库,需要自己再安装一下的 刚开始使用pip安装imagecodecs pip install imagecodec
jetson nano安装scikit-image失败（暨依赖包imagecodecs安装失败）
linzengmin的博客
05-30 1983
问题就出在imagecodecs这个包里面，会有一些文件编译不通过。解决方法就是下载源码，自己编译。 源码地址以及相关说明 Use the --skip-extension build options to skip building specific extensions. Use the --lite build option to only build extensions without 3rd-party dependencies. Edit setup.py to modify other bu
pip 安装 imagecodecs 失败
jyl1999xxxx的博客
05-25 2327
很多类似问题都是需要 pip install --user --upgrade pip -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple 再重新安装
Image Codecs: Pros & Cons
简单即美
04-08 488
The Image codecs is a method of compression/decompression of image files or image data. The codecs stands for Coders / Decoders.
帆软报表 异常汇总及方案.
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LZW编码—图像压缩
糖糖糖豆的博客
12-25 1万+
本文系转载+改编：http://blog.csdn.net/krossford/article/details/49157531LZW全称Lempel–Ziv–WelchLZW的工作思路，考虑一段数据，abcabcabc，对于这样的一段数据，如果不做任何处理和压缩，假设每个字符用一个字节来表示，直接存储的空间应该是9字节。详细说明下： 下表是我们dictionary，也就是码表，字符与编码的对应
ValueError: <COMPRESSION.JPEG: 7> requires the 'imagecodecs' package
最新发布
05-28
### 解决 `ValueError: COMPRESSION.JPEG` 错误并使用 `imageio` 和 `imagecodecs` 处理大尺寸 TIFF 图片 在处理大尺寸 TIFF 图片时，如果遇到 `ValueError: COMPRESSION.JPEG` 或类似错误，通常是因为所使用的库（如 `imageio`）依赖于特定的压缩算法支持。例如，LZW 或 JPEG 压缩需要额外安装 `imagecodecs` 包[^1]。 #### 安装必要的依赖包 确保安装了以下依赖包以支持 TIFF 文件的读取和写入： ```bash conda install -c conda-forge imagecodecs ``` 或者使用 `pip` 安装： ```bash pip install imagecodecs ``` 此外，`imagecodecs-lite` 是 `imagecodecs` 的一个简化版本，也可以尝试安装，但功能可能有限[^3]。 #### 代码实现：大尺寸 TIFF 图片的切割与拼接 以下代码展示了如何使用 `imageio` 和 `imagecodecs` 来处理大尺寸 TIFF 图片，并解决相关错误。 ##### 1. 切割大尺寸 TIFF 图片 ```python import imageio.v2 as imageio import os import numpy as np def split_tif_image(image_path, output_dir, tile_size): # 读取 TIFF 图片 img = imageio.imread(image_path) height, width = img.shape[:2] tiles = [] # 创建输出目录 os.makedirs(output_dir, exist_ok=True) # 按指定大小切割图片 for y in range(0, height, tile_size): for x in range(0, width, tile_size): tile = img[y:y + tile_size, x:x + tile_size] tiles.append((x, y, tile)) # 保存切割后的图片 tile_name = f"tile_x{x}_y{y}.tif" tile_path = os.path.join(output_dir, tile_name) imageio.imwrite(tile_path, tile) return tiles ``` ##### 2. 拼接切割后的图片 ```python def stitch_images(tiles, output_path, original_shape): stitched_image = np.zeros(original_shape, dtype=np.uint8) for x, y, tile in tiles: h, w = tile.shape[:2] stitched_image[y:y + h, x:x + w] = tile # 保存拼接后的图片 imageio.imwrite(output_path, stitched_image) ``` ##### 3. 主程序 ```python if __name__ == "__main__": input_image_path = "large_image.tif" # 输入的大尺寸 TIFF 图片路径 temp_split_dir = "temp_split" # 切割后的图片存放目录 output_image_path = "stitched_image.tif" # 最终拼接的图片路径 tile_size = 256 # 切割块大小 # 分割大尺寸 TIFF 图片 tiles = split_tif_image(input_image_path, temp_split_dir, tile_size) # 获取原始图片的形状 original_img = imageio.imread(input_image_path) original_shape = original_img.shape # 按坐标重新拼接图片 stitch_images(tiles, output_image_path, original_shape) ``` #### 错误处理与注意事项 - 如果仍然遇到 `ValueError`，请确保安装了最新版本的 `imageio` 和 `imagecodecs`[^4]。 - 对于非常大的 TIFF 文件，可以考虑使用分块加载技术以减少内存占用。 - 在某些情况下，TIFF 文件可能包含不常见的压缩格式，这可能导致兼容性问题。此时，可以尝试将文件转换为无压缩格式后再进行处理[^1]。 #### 示例输出 假设输入图片大小为 48047x46022，切割大小为 256x256，则会生成多个小图片文件（如 `tile_x0_y0.tif`、`tile_x256_y0.tif` 等），并在处理后重新拼接为完整的图片。 --- ###
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