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RSS订阅原创 IDEA关联Gitee
2.idea设置git路径：文件--设置--版本控制--git（3. 下载gitee插件：文件--插件--搜索gitee--安装。4. gitee连接：文件--设置--版本控制--gitee（成功关联后，会显示git目录。这里可以进行上传和下载。例如我此处为"E:\Git\bin\git.exe"选择 克隆存储库--gitee--选择关联的仓库。1. 找到git.exe地址。关闭现有的项目推到开始界面。5. 下载整个项目到本地。
2024-12-30 09:22:28
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原创 jupyter notebook 服务器主机连接
打开jupyter_notebook_config.py文件（jupyter_notebook_config.py应该在.jupyter路径下），在文件中加入如下几行。c.NotebookApp.port = 8888 #端口为8888，可以自己设置。输入的密码会保存到 .jupyter/jupyter_notebook_config.json文件中。c.NotebookApp.ip = '*' #允许所有ip访问，很重要。
2024-12-23 09:51:58
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原创 【Anaconda配置】修改conda虚拟环境路径及安装包路径
step4：在cmd检查conda的配置信息，第一个显示的是自己设置好的路径就没问题了。修改conda虚拟环境路径及安装包路径。如果找不到这个文件，cmd命令中输入。step3：保存并关闭。
2024-11-20 17:17:40
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原创 TamGen：利用化学语言模型进行药物设计的目标感知分子生成
基于 pdb 编号并使用每个 pdb 结合位点的中心坐标来构建自定义数据集。。是可选的。：你可以自行指定。最简单的方法是将其设置为test。：处理后数据的输出路径。：以为中心的口袋区域半径。基于 pdb 编号构建自定义数据集，该脚本将根据结构文件中的配体自动查找结合位点。格式：为 CSV 格式，列包含，其中[]表示可选。：如果残基中的任何原子位于配体原子的埃范围内，则该残基被视为口袋区域的一部分。对于给定的pdb_id，其相关配体可在中找到。其余参数与方法 1 中的相同。
2024-11-20 15:59:22
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原创 A pharmacophore-guided deep learning approach for bioactive molecular generation（PGMG）
PGMG是一种基于深度学习的药物团引导分子生成方法，其目标是生成与给定药效团匹配的分子。PGMG引入了一组潜在变量z来处理药效团和分子之间的多对多映射。也就是说，一个分子x可以表示为两个互补编码的唯一组合，其中c代表给定的药效团，z对应于化学基团在分子内的位置。潜变量z赠款PGMG能力模型条件分布中的多个模式：我们训练两个神经网络,一个编码器网络近似P(z|c)间接和一个译码器网络近似P(x|c,z)。我们将SMILES格式的分子嵌入到密集特征向量中，并使用门控GCN嵌入药效团假设。
2024-11-20 15:33:13
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原创 Anaconda创建虚拟环境及Jupyter-notebook使用
conda create -y -n xxx(名字) python=3.10。在该环境中启动jupyter notebook。二、打开jupyter notebook。一、创建 conda 环境（可选）在虚拟环境中安装ipykernel。继续在该环境中安装nb_conda。选择pubchem环境。查看所有已创建的环境。
2024-11-06 20:42:18
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原创 常用抗生素数据集
经过对相关文献的筛选与整理，可收集特定抗生素的相关数据，用于模型训练。然后，在 “Chemical Structure Images PNG” 部分，可选择图像尺寸为 “Small” 或 “Large”，并且该部分的压缩方式限定为 “ZIP ONLY”。在 “Chemical Structure Records” 部分，同样有 SD、JSON 和 XML 等数据格式可选，以及不同的压缩方式供选择。总的来说，这张图为用户在下载化学结构相关的数据和图像时提供了多种格式和压缩方式的选择，以满足不同的需求。
2024-11-05 21:10:38
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原创 cocos creator 学习笔记
physics——xxxxcollide 碰撞组件。cc.MeshRenderer 是否显示组件外观。crtl：按步长进行旋转、缩放等功能。rigidbody 刚体组件。将子块的样式上传至父块。crtl+d：等于c+v。
2024-10-22 21:47:25
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原创 安装cocos creator
下翻找到两个版本：2.x和3.x（两者差别较大，3.x为新版，如果之前有项目是2.x的版本需要使用2.x的才行）不必选择安装visual studio 2022，后续可以使用vscode来编译。点击马上运行，新用户需要注册账号。点击设置，可以修改编辑器的安装地址。点击从dashboard安装。点击安装编辑器，选择对应版本。
2024-10-22 12:22:16
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原创 chemprop模型
Chemprop 是一个用于化学性质预测的机器学习软件包，其原理基于图神经网络，特别是有向消息传递神经网络（D-MPNN）架构。
2024-10-14 15:00:47
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原创 SyntheMol ——cLogP.md
*30 个 epoch：** 在 25,550 个分子中有 15,693 个为正（61.42%）（随机 REAL 为 0.044%）。**1 个 epoch：** 在 27,123 个分子中有 3,195 个为正（11.78%）（随机 REAL 为 0.044%）。** 随机 REAL：** 在 25,000 个分子中有 11 个 cLogP 为正（0.044%）。** 抗生素：** 在 13,524 个分子中有 495 个 cLogP 为正（3.7%）。计算生成分子的真实 cLogP。
2024-10-09 20:39:33
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原创 SyntheMol模型——antibiotics.md内容
针对鲍曼不动杆菌（）生成抗生素候选物的说明。包括处理抗生素数据、训练抗菌活性预测模型、使用 SyntheMol 生成分子以及选择候选物的说明。假设相关数据已下载（见。
2024-10-09 17:37:09
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原创 安装 SyntheMol 环境（自用）
如果出现CondaError: Run 'conda init' before 'conda activate'显示有版本冲突，选择使用requirement.txt下载。切换目录到requirement.txt所在路径。1_training_data内容如下。将解压后的Data移动到。
2024-10-09 17:36:28
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原创 Anaconda安装
Recommended. Allows other programs, such as VSCode, PyCharm, etc. to automatically detect Anaconda3 as the primary Python 3.12 on the system.” 意思是 “推荐。选项二：“Register Anaconda3 as the system Python 3.12” 意思是 “将 Anaconda3 注册为系统的 Python 3.12”。1. 镜像网站下载对应版本。
2024-10-08 16:57:34
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空空如也
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