Gossie的博客

Tassel 是比较经典的关联分析软件，但是因为运行速度没有优势，所以在重测序等数据量比较大的研究中不太常用。这是记录一下Tassel5 命令行进行关联分析的过程。参考：Tassel5：https://bitbucket.org/tasseladmin/tassel-5-source/wiki/HomeMLM：https://bitbucket.org/tasseladmin/tassel-5-source/wiki/UserManual/MLM/MLM1. 计算kinshiprun_pipeli

emmax 的优点是操作简单，运行速度非常快，几百万的SNP也可以半小时内跑完。1. 基因型格式# 转换成合适的格式nohup plink --vcf snp.vcf.gz --recode 12 --output-missing-genotype 0 --transpose --out snp --allow-extra-chr &注意:emmax 接受plink的长格式。基因型需要先 imputation，不能有缺失，且只识别双等位位点。snp ID （tped 文件第二列，不

用 phylip 构N-J树在 linux 系统，可以用 conda 安装 phylip 软件1. 将 SNP 文件转换为 phylip 格式用 tassel 的格式转换功能将 plink 格式转为 phylip 格式。另外有一个脚本可以将 vcf 格式转换为 phylip ，vcf2phylip.pyrun_pipeline.pl -Xmx50G -plink -ped snp.ped -map snp.map -export snp.phy -exportType Phylip_Inter

画LD block用的比较多的有两个软件，一个是haploview，另一个是R包LDheatmap。haploview数据导入传说plink可以直接转化出HV格式（参数 --recode HV），但是用的时候提示没有case/control表型，不知如何解决。因此自己将plink格式转换为Linkage formate格式Linkage formate格式有两个文件：ped文件和info文件ped文件与plink的ped非常相似：第一列：家系。没有家系可以指定其它唯一ID第二列：个体。第三

版本：Version 0.94.1输入文件GEMMA 需要四个主要的输入文件，包括基因型、表型、相关矩阵和协变量（可选）。基因型和表型文件可以是两种格式，都是 PLINK binary ped 格式或者都 BIMBAM 格式。不可混用。genotype 文件接受比较多的输入类型，这是用的 plink 格式：GEMMA 识别基因型和表型的 PLINK binary ped 文件格式.该格式需要三个文件：*.bed, *.bim, *.bam，所有文件都有相同的前缀。用户可以用 PLINK 将标

MAGMA软件被设计用于基于基因的（gene-based)或基因集的（gene-set-based)的关联分析，可以直接找到与目的性状相关的功能基因或功能模块（如基因调控通路等），也有利于发现由多个微效 SNP 关联的基因。MAGMA 的输入数据可以是原始的基因型数据，也可以是其它关联分析软件的结果（如emmax、gemma等）。本文用 emmax 的关联分析结果作为输入文件，因为 MAGMA 虽然可以用原始数据进行单位点的关联分析，但是它的运行速度没有 emmax 快。1. SNP 注释MAGM

mrMLM 官网介绍，它的优势是先用一个比 Bonferroni 略宽松的标准筛选SNP，然后用多位点遗传模型分析，可以找到更多的与目标性状关联的SNP。不得不吐槽一下，使用体验太差，输入文件不是常用格式（vcf、ped等），也没有解释说明（说明书里的信息基本等于零），逼的我只好看程序代码如何读取数据的。。。；后来发现，R包的文件夹里有个原始数据的示例文件，终于有了点头绪。。。ps：后来终于在bioRxiv上的关于mrMLM 4.0的文章的附件中找到一份比较详细的说明.前言输入文件有三种格式，num