MedNeXt: Transformer-driven Scaling of ConvNets for Medical Image Segmentation

MedNeXt是一个为医学图像分割设计的现代化卷积网络,结合了ConvNeXt和Transformer的优点。它引入了全ConvNeXt3D编码器-解码器结构,残差倒置瓶颈用于上采样和下采样,以及大内核卷积的UpKern技术,防止性能饱和。此外,MedNeXt支持深度、宽度和感受野的复合缩放,提高了在有限数据集上的性能。实验显示,MedNeXt在多个医学图像分割任务中超越了多种基线方法。


前言

论文:http://arxiv.org/abs/2303.09975
代码:暂无

缺乏大规模的带注释的医学分割数据集使得医学图像分割实现与自然图像分割相当的性能具有挑战性。卷积网络具有更高的归纳偏置(归纳偏置的解释可以看这个博文【机器学习】浅谈 归纳偏置 (Inductive Bias))(我感觉意思是更适合处理图像),因此易训练为高性能。最近,ConvNeXt架构试图去通过模仿Transformer去现代化改造ConvNet。在这篇工作中,设计一个现代化和可扩展的卷积架构,针对数据稀缺的医疗环境的挑战进行定制。提出MedNeXt,这是一个基于Transformer的大卷积核分割网络,它引入了
(1) 用于医学图像分割的全 ConvNeXt 3D 编码器-解码器网络
(2) 残差 ConvNeXt 上采样和下采样块,以跨尺度保留语义丰富性
(3) 一种通过对小型内核网络进行上采样来迭代增加内核大小的新技术,以防止有限医疗数据的性能饱和
(4) 在 MedNeXt 的多个级别(深度、宽度、内核大小)进行复合缩放。
这导致了在CT和MRI模态和不同数据集大小的4个任务上的最先进的性能,代表了用于医学图像分割的现代化深度架构。


1. Introduction

Transformer被广泛应用,但是由于它有限的归纳偏置,所以被大型的注释数据集最大化性能收益所困扰。为了保持卷积固有的归纳偏置,同时利用Transformer的结构进行改进,最近提出的ConvNext重新建立卷积网络对自然图像处理的竞争性能。
ConvNeXt架构使用Transformer倒置的bottleneck,由深度层、扩展层、收缩曾组成,此外还有大型的深度内核复制长程表征学习,用庞大的数据集训练优于基于Transformer的网络。相反的,VGGNet堆叠小卷积核仍然是设计雨雪图像分割中卷积神经网络的主要技术。开箱即用的数据高效解决方案,如nnUNet ,使用标准UNet的变体,在广泛的任务中仍然有效。
ConvNeXt将Vision和Swin Transformer的远程空间学习能力与ConvNets固有的归纳偏置相结合。
倒置bottleneck设计允许我们扩展宽度(增加channels)不受kernel size的影响。
好好的利用可以得到以下的优势:
(1) 通过大的卷积核学习长程空间依赖
(2) 同时扩展多个网络级别
要实现这些需要有对抗大型网络对有限训练数据过度拟合的趋势。
近期有将大卷积

<think>好的,我现在要帮助用户了解或实现Medical Transformer模型中的Gated Axial-Attention机制,特别是用于医学图像分割的部分。首先,我需要回忆一下用户提供的引用内容。用户引用了两篇资料,其中引用[1]是关于Medical Transformer的论文和代码库,而引用[2]列出了其他相关的分割模型,但用户主要关注的是Medical Transformer。 用户的问题具体是关于Gated Axial-Attention的实现,所以需要深入理解这个机制的工作原理。根据论文,Gated Axial-Attention结合了轴向注意力和门控机制,轴向注意力指的是在图像的两个轴上(比如行和列)分别应用自注意力,这样可以减少计算量,同时捕捉长程依赖。门控机制则可能用于调整注意力权重,增强重要特征,抑制不相关的部分。 接下来,我需要考虑如何将这个机制转化为代码实现。可能需要参考论文中的结构图和公式。例如,轴向注意力可能分为行注意力和列注意力两个部分,然后通过门控机制进行融合。门控可能使用sigmoid函数来生成0到1之间的权重,然后将这两个注意力输出加权相加。 然后,我需要检查用户提供的代码链接,确保代码结构正确。用户给出的GitHub仓库是jeya-maria-jose/Medical-Transformer,所以应该参考其中的实现。例如,可能在axial_attention.py或者类似的文件中找到Gated Axial-Attention的代码。 此外,需要注意医学图像的特点,比如高分辨率和局部细节的重要性,这可能影响模型的设计。例如,轴向注意力可以处理二维结构,而门控机制帮助模型专注于关键区域,这对分割任务很重要。 用户可能需要具体的代码示例,所以需要提供PyTorch的实现片段,包括轴向注意力的分解、位置编码的添加,以及门控机制的应用。同时,要解释每个部分的作用,比如如何计算查询、键、值,如何应用位置编码,如何生成门控权重,并融合行和列的注意力结果。 还需要考虑实现中的细节,比如如何将二维图像转换为序列以适应Transformer结构,如何处理位置信息,以及如何将轴向注意力模块集成到UNet等分割网络中。可能还需要讨论数据预处理、训练策略和损失函数的选择,比如结合Dice损失和交叉熵损失。 最后,用户可能对如何应用该模型到自己的医学图像数据感兴趣,所以需要给出训练和推理的步骤,比如加载数据、构建模型、设置优化器和训练循环等。同时,提供相关的参考文献和代码库链接,方便用户进一步查阅。</think>以下是为您整理的Medical Transformer中Gated Axial-Attention实现详解: ### 一、Gated Axial-Attention机制解析 1. **轴向注意力分解**:将2D自注意力分解为行、列两个1D注意力操作 $$ \text{Attention}(Q,K,V) = \text{Softmax}(\frac{QK^T}{\sqrt{d_k}} + P)V $$ 其中位置编码$P$分解为$P_{row}$和$P_{col}$[^1] 2. **门控机制实现**: ```python class GatedAxialAttention(nn.Module): def __init__(self, dim, heads): super().__init__() self.row_att = AxialAttention(dim, heads, axis=0) # 行注意力 self.col_att = AxialAttention(dim, heads, axis=1) # 列注意力 self.gate = nn.Parameter(torch.ones(2)) # 可学习门控参数 def forward(self, x): row_out = self.row_att(x) col_out = self.col_att(x) # 门控融合 return torch.sigmoid(self.gate[0])*row_out + torch.sigmoid(self.gate[1])*col_out ``` ### 二、完整实现步骤 1. **特征序列化**:将2D医学图像转换为序列 ```python b, c, h, w = x.shape x_seq = x.view(b, c, h*w).permute(0, 2, 1) # [b, h*w, c] ``` 2. **位置编码注入**: ```python class AxialPositionalEmbedding(nn.Module): def __init__(self, dim, shape): super().__init__() self.row_emb = nn.Parameter(torch.randn(shape[0], dim//2)) self.col_emb = nn.Parameter(torch.randn(shape[1], dim//2)) def forward(self, x): return x + torch.cat([self.row_emb.unsqueeze(1), self.col_emb.unsqueeze(0)], dim=-1).flatten(0,1) ``` 3. **完整网络架构**(基于UNet框架): ```python class MedicalTransformer(nn.Module): def __init__(self, in_ch=3, classes=2): super().__init__() self.encoder = nn.Sequential( ConvBlock(in_ch, 64), GatedAxialAttention(64, heads=4), Downsample(64, 128), GatedAxialAttention(128, heads=8), Downsample(128, 256) ) self.decoder = ... # 对称上采样结构 ``` ### 三、训练实践要点 1. **数据预处理**: - 医学图像标准化(CT值截断+归一化) - 随机旋转/翻转增强 - 器官特定ROI裁剪 2. **损失函数组合**: ```python loss = 0.5*DiceLoss()(pred, mask) + 0.5*CrossEntropyLoss()(pred, mask) ``` 3. **训练策略**: ```python optimizer = AdamW(model.parameters(), lr=1e-4, weight_decay=1e-5) scheduler = CosineAnnealingLR(optimizer, T_max=100) ```
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