MATLAB读取hdf文件

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#hdf #matlab

本文详细介绍HDF5文件的六种关键操作：显示信息、读取数据、读取属性、创建文件、写入数据及写入属性。涵盖从基本查询到高级数据管理的全过程，适合初学者和专业人员参考。

1. 显示hdf文件中的数据集以及属性等等信息

2. 读取hdf文件中的数据

3. 读取数据集的属性

4. 创建hdf文件

5. 往新建的hdf中写入数据

6. 给数据集写属性

官方中文文档

 

1. 显示hdf文件中的数据集以及属性等等信息

h5disp('文件名.hdf');

例如：


 
  1. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
     h5disp(
     'dataset/sample_A_padded_20160501.hdf');
    
    
   
  2. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
     
    
    
   
  3. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
     # 输出：
    
    
   
  4. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
     HDF5 sample_A_padded_20160501.hdf 
    
    
   
  5. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
     Group 
     '/' 
    
    
   
  6. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
         Attributes:
    
    
   
  7. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
            
     'file_format':  '0.2'
    
    
   
  8. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
        
     Group 
     '/annotations' 
    
    
   
  9. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
             Attributes:
    
    
   
  10. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
                
     'offset':  1520.000000 3644.000000 3644.000000 
    
    
   
  11. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
             Dataset 
     'ids' 
    
    
   
  12. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                 Size:  
     432
    
    
   
  13. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                 MaxSize:  
     432
    
    
   
  14. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                 Datatype:   H5T_STD_U64LE (uint64)
    
    
   
  15. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                 ChunkSize:  []
    
    
   
  16. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                 Filters:  none
    
    
   
  17. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                 FillValue:  
     0
    
    
   
  18. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
             Dataset 
     'locations' 
    
    
   
  19. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                 Size:  
     3x432
    
    
   
  20. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                 MaxSize:  
     3x432
    
    
   
  21. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                 Datatype:   H5T_IEEE_F32LE (
     single)
    
    
   
  22. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                 ChunkSize:  []
    
    
   
  23. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                 Filters:  none
    
    
   
  24. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                 FillValue:  
     0.000000
    
    
   
  25. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
             Dataset 
     'types' 
    
    
   
  26. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                 Size:  
     432
    
    
   
  27. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                 MaxSize:  
     432
    
    
   
  28. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                 Datatype:   H5T_STRING
    
    
   
  29. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
                    
     String Length: variable
    
    
   
  30. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                     Padding: H5T_STR_NULLTERM
    
    
   
  31. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                     Character 
     Set: H5T_CSET_UTF8
    
    
   
  32. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                     Character Type: H5T_C_S1
    
    
   
  33. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                 ChunkSize:  
     432
    
    
   
  34. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                 Filters:  deflate(
     4)
    
    
   
  35. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
            
     Group 
     '/annotations/comments' 
    
    
   
  36. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                 Dataset 
     'comments' 
    
    
   
  37. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                     Size:  
     17
    
    
   
  38. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                     MaxSize:  
     17
    
    
   
  39. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                     Datatype:   H5T_STRING
    
    
   
  40. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
                        
     String Length: variable
    
    
   
  41. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                         Padding: H5T_STR_NULLTERM
    
    
   
  42. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                         Character 
     Set: H5T_CSET_UTF8
    
    
   
  43. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                         Character Type: H5T_C_S1
    
    
   
  44. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                     ChunkSize:  []
    
    
   
  45. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                     Filters:  none
    
    
   
  46. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                 Dataset 
     'target_ids' 
    
    
   
  47. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                     Size:  
     17
    
    
   
  48. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                     MaxSize:  
     17
    
    
   
  49. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                     Datatype:   H5T_STD_U64LE (uint64)
    
    
   
  50. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                     ChunkSize:  []
    
    
   
  51. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                     Filters:  none
    
    
   
  52. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                     FillValue:  
     0
    
    
   
  53. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
            
     Group 
     '/annotations/presynaptic_site' 
    
    
   
  54. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                 Dataset 
     'partners' 
    
    
   
  55. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                     Size:  
     2x216
    
    
   
  56. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                     MaxSize:  
     2x216
    
    
   
  57. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                     Datatype:   H5T_STD_U64LE (uint64)
    
    
   
  58. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                     ChunkSize:  []
    
    
   
  59. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                     Filters:  none
    
    
   
  60. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                     FillValue:  
     0
    
    
   
  61. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
        
     Group 
     '/volumes' 
    
    
   
  62. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
             Dataset 
     'raw' 
    
    
   
  63. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                 Size:  
     3072x3072x200
    
    
   
  64. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                 MaxSize:  
     3072x3072x200
    
    
   
  65. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                 Datatype:   H5T_STD_U8LE (uint8)
    
    
   
  66. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                 ChunkSize:  
     192x96x7
    
    
   
  67. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                 Filters:  deflate(
     4)
    
    
   
  68. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                 Attributes:
    
    
   
  69. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
                    
     'resolution':  40.000000 4.000000 4.000000 
    
    
   
  70. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
            
     Group 
     '/volumes/labels' 
    
    
   
  71. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                 Dataset 
     'clefts' 
    
    
   
  72. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                     Size:  
     1250x1250x125
    
    
   
  73. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                     MaxSize:  
     1250x1250x125
    
    
   
  74. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                     Datatype:   H5T_STD_U64LE (uint64)
    
    
   
  75. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                     ChunkSize:  
     79x79x4
    
    
   
  76. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                     Filters:  deflate(
     4)
    
    
   
  77. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                     Attributes:
    
    
   
  78. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
                        
     'resolution':  40.000000 4.000000 4.000000 
    
    
   
  79. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
                        
     'offset':  1520.000000 3644.000000 3644.000000 
    
    
   
  80. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                 Dataset 
     'neuron_ids' 
    
    
   
  81. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                     Size:  
     1250x1250x125
    
    
   
  82. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                     MaxSize:  
     1250x1250x125
    
    
   
  83. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                     Datatype:   H5T_STD_U64LE (uint64)
    
    
   
  84. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                     ChunkSize:  
     79x79x4
    
    
   
  85. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                     Filters:  deflate(
     4)
    
    
   
  86. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
    
                     Attributes:
    
    
   
  87. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
                        
     'resolution':  40.000000 4.000000 4.000000 
    
    
   
  88. 
   
    
    
    
   
    
   
    
    
                        
     'offset':  1520.000000 3644.000000 3644.000000

 

2. 读取hdf文件中的数据

data = h5read('文件名.hdf', '数据集名');

例如：

raw = h5read('dataset/sample_A_padded_20160501.hdf', '/volumes/raw');

 

3. 读取数据集的属性

attribute = h5readatt('文件名.hdf', '数据集名', '属性名');

例如：

resolution = h5readatt('dataset/sample_A_padded_20160501.hdf', '/volumes/raw', 'resolution');

 

4. 创建hdf文件

h5create('文件名.hdf', '数据集名', 数据大小, 'Datatype',  '数据类型');

例如：

h5create('downs_dataset/downsample_A_padded_20160501.hdf', '/volumes/raw', size_downs_raw, 'Datatype',  'uint8');

 

5. 往新建的hdf中写入数据

h5write('文件名.hdf', '数据集名', 数据变量);

例如：

h5write('downs_dataset/downsample_A_padded_20160501.hdf', '/volumes/raw', downs_raw);

 

6. 给数据集写属性

h5writeatt('文件名.hdf', '数据集名', '属性名', 属性变量);

例如：

h5writeatt('downs_dataset/downsample_A_padded_20160501.hdf', '/volumes/raw', 'resolution', resolution);

 

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