STD: Sparse-to-Dense 3D Object Detector for Point Cloud 阅读笔记

博客围绕基于球形Anchor的目标检测展开。在Proposal生成阶段,使用球形Anchor减少数量、提高recall,通过网络精修和NMS消除冗余;定义PointsIoU区分前景背景。特征提取用PointsPool和FC替代SA模块。Box预测网络包括Box估计和IoU估计部分,部分内容待完善。

Proposal生成

球形Anchor

STD方法使用球形Anchor,不同的检测目标使用不同的球半径。因为球形Anchor没有方向,网络后期直接预测角度,所以Anchor的数量比传统的带方向的长方体Ancho少了50%减少到了16K左右,通过NMS方式(IoU是BEV投影上的)删除冗余的Anchor最终减少到500个左右。且球形Anchor比传统Anchor拥有更高的recall。

proposal 生成网络

在每个Anchor中收集点,输入PointNet进行分类前景、背景。
然后计算Anchor的中心偏移量和预定义大小的偏移量,对Anchor进行精修。
角度回归方面:定义了NaN_aNa个角度箱子(angle bins)。残差值根据bin的值进行回归。(实验中Na=12N_a=12Na=12)。
使用基于分类评分的NMS和面向BEV的IoU来消除冗余的proposals。在训练期间保留多达300个proposals,在测试期间保留100个proposals。

Anchor 类别定义

因为球形Anchor与传统Anchor不同,所以作者提出了一种新的方式——PointsIoU,使用两个区域相交区域内的点数与两个区域联合区域内的点数的商。>0.55>0.55>0.55则为前景,否则为背景。

Proposal特征提取

动机

在这里插入图片描述
因为效率的问题使用PointsPool 和 FC 替代了Point++中的3个SA模块,同时又有很好的效果。

PointsPool 层

总共分三个步骤:

  1. 在每个Proposal中选取N个点。每个点减去Proposal的中心并做刚性旋转到规范的位置下。
  2. 将Proposal体素化,每个体素中采样Nr=35N_r=35Nr=35个点。体素特征包括点的标准坐标特征和语义特征。
  3. 使用VoxelNet中的VFE来抽取特征。

Box 预测网络

Box估计部分

使用两个FC层(通道数为(512,512))来抽取每个proposal的特征。
使用另外两个FC层来进行分类和回归预测。直接预测ground truth和proposal的偏移量(tl,tw,th)(t_l,t_w,t_h)(tl,tw,th)和中心偏移(tx,ty,tz)(t_x,t_y,t_z)(tx,ty,tz)

IoU估计部分

TODO

损失函数

TODO

实验部分

TODO

<think>首先,用户的问题是关于R语言中的一个警告信息:"sparse->dense coercion allocating large memory 7.5 GiB"。这涉及到稀疏矩阵转换为稠密矩阵时分配大量内存的问题。 用户意图:用户可能在处理大型稀疏矩阵时遇到了这个警告,并希望理解其原因、如何避免或解决它。 参考引用: - 引用[1]:展示了Spark中创建稀疏和稠密向量的例子,使用`Vectors.sparse`和`Vectors.dense`。 - 引用[2]:解释了在Seurat中稀疏矩阵的局限性,特别是dgCMatrix类的上限,建议使用Python处理大数据。 - 引用[3]:类似引用[1],是Scala/Spark代码,展示稀疏向量的创建和访问。 - 引用[4]:关于Mac磁盘满的解决方案,但似乎不直接相关。 用户真正的需求:理解和解决在R语言中处理稀疏矩阵时的内存警告。 关键点: - 警告发生在稀疏矩阵被强制转换为稠密矩阵时。 - 分配了7.5 GiB内存,表明矩阵很大。 - 稀疏矩阵通常用于高效存储大量零元的数据,但转换为稠密矩阵会占用更多内存。 在R中,稀疏矩阵通常使用Matrix包实现,如dgCMatrix类。转换时,如果矩阵很大,会消耗大量内存。 解决方案: 1. **避免转换**:尽量在稀疏表示下操作,避免转换为稠密矩阵。 2. **使用高效算法**:使用支持稀疏矩阵的函数。 3. **分批处理**:如果可能,分批处理数据。 4. **增加内存**:确保系统有足够内存。 5. **使用其他工具**:如Python(如引用[2]建议),或分布式计算框架如Spark。 结构回答: - 解释警告原因。 - 提供解决方案。 - 给出代码示例(如果适用)。 - 生成相关问题。 回答结构: 1. **理解警告**:解释"sparse->dense coercion"的含义和为什么分配大量内存。 2. **原因分析**:稀疏矩阵转换为稠密矩阵的内存需求。 3. **解决方案**: - 避免不必要的转换。 - 使用稀疏矩阵友好的函数。 - 优化代码。 - 考虑替代工具。 4. **代码示例**:在R中如何创建和处理稀疏矩阵。 5. **相关问题**:生成3个相关问题。 确保中文回答。 最终输出: - 回答用户问题。 - 末尾添加相关问题。</think>### R语言警告 "sparse->dense coercion allocating large memory 7.5 GiB" 的解释与解决方案 在R语言中处理稀疏矩阵时,如果出现警告 `sparse->dense coercion allocating large memory 7.5 GiB`,这意味着您正在尝试将一个稀疏矩阵(sparse matrix)强制转换为稠密矩阵(dense matrix),而这个过程需要分配大量内存(本例中为7.5 GiB)。稀疏矩阵通常用于高效存储大量零元的数据(例如基因表达数据或推荐系统数据),而稠密矩阵会存储所有元(包括零),因此当矩阵规模很大时,转换会消耗巨额内存。以下我将逐步解释原因并提供解决方案。 #### 1. **警告原因分析** - **稀疏矩阵 vs 稠密矩阵**: - 稀疏矩阵(如R中`Matrix`包的`dgCMatrix`类)只存储非零元及其位置,节省内存。例如,一个包含100万行、100万列的矩阵,如果只有1%非零元,稀疏表示可能只需几百MB内存。 - 稠密矩阵存储所有元(包括零),因此内存需求为矩阵尺寸的乘积。例如,一个100万×100万的双精度矩阵需要约8 TB内存(计算公式:$n \times m \times 8$ bytes,其中$n$和$m$为维度)。 - **为什么分配7.5 GiB?** 警告中的7.5 GiB表示转换过程尝试分配的内存大小。这通常发生在: - 矩阵尺寸过大(例如,行或列数超过$10^6$)。 - R试图执行一个需要稠密矩阵的操作(如某些矩阵乘法或可视化函数)。 - 稀疏矩阵的非零元比例较高,但仍远小于稠密表示的需求。 - R的默认稀疏矩阵类(如`dgCMatrix`)有内存上限,在处理超大数据时会触发此警告[^2]。 - **根本原因**: R的底层库在转换时无法高效处理超大稀疏矩阵。Seurat等生物信息学工具也常遇到此问题,因为dgCMatrix类在尺寸超过约$2^{31}-1$元时(即约20亿非零元)会失败[^2]。 #### 2. **解决方案:避免或优化转换** 为了避免内存溢出或程序崩溃,您可以采取以下策略。核心原则是:**尽量保持数据在稀疏格式下操作**,避免不必要的转换。 - **策略1:使用稀疏矩阵友好的函数** 许多R函数支持稀疏矩阵输入。检查您的代码,确保操作(如矩阵乘法、统计计算)直接使用稀疏矩阵: - 使用`Matrix`包函数:例如`crossprod()`、`tcrossprod()`进行矩阵运算,或`rowSums()`/`colSums()`计算统计量。 - 避免强制转换:不要使用`as.matrix()`或`as.vector()`,除非绝对必要。 - 示例代码: ```r # 正确:直接在稀疏矩阵上操作 library(Matrix) sparse_mat <- sparseMatrix(i = c(1, 3), j = c(1, 2), x = c(4, 5), dims = c(4, 4)) result <- colSums(sparse_mat) # 高效,不触发转换 # 错误:强制转换会触发警告 dense_mat <- as.matrix(sparse_mat) # 如果矩阵大,会分配7.5 GiB内存 ``` - **策略2:优化数据规模** - **分批处理(Chunking)**:将大矩阵分块处理。例如,使用`foreach`包并行计算: ```r library(foreach) library(doParallel) registerDoParallel(cores=4) # 使用4个核心 # 分块计算列和 chunks <- split(1:ncol(sparse_mat), ceiling(seq_along(1:ncol(sparse_mat))/1000)) results <- foreach(chunk=chunks, .combine=c) %dopar% { colSums(sparse_mat[, chunk]) } ``` - **减少维度**:通过特征选择(如PCA)或采样降低矩阵尺寸。 - **检查非零元**:如果非零元比例过高(>10%),稀疏表示可能不高效,考虑其他格式。 - **策略3:增加系统资源或使用高效工具** - **增加内存**:确保您的系统有足够RAM(至少大于7.5 GiB)。如果是Mac系统磁盘满导致内存交换问题,参考磁盘清理方案[^4]。 - **切换到Python或其他语言**: 对于超大矩阵(如基因数据),R的`Matrix`包可能不足。Python的`scipy.sparse`或分布式框架如Apache Spark更高效: - Python示例(使用scipy): ```python from scipy.sparse import csr_matrix import numpy as np # 创建稀疏矩阵 sparse_mat = csr_matrix(([4, 5], ([0, 2], [0, 1])), shape=(4,4)) # 直接操作,避免转换 col_sums = sparse_mat.sum(axis=0) ``` - 使用Spark(引用[1]和[3]):Spark的MLlib支持分布式稀疏向量,适合海量数据。 ```scala // Scala/Spark示例:创建稀疏向量 import org.apache.spark.mllib.linalg.Vectors val sv = Vectors.sparse(1000000, Array(0, 10000), Array(1.0, 2.0)) // 高效处理大尺寸 ``` - **升级工具**:在生物信息学中,Seurat V5推荐使用Census包或Python替代方案[^2]。 - **策略4:调试与监控** - 使用`object.size()`检查矩阵内存占用: ```r library(pryr) object_size(sparse_mat) # 稀疏矩阵大小 object_size(as.matrix(sparse_mat)) # 稠密矩阵大小(预估) ``` - 监控内存:用`gc()`强制垃圾回收,或在RStudio中查看内存使用。 #### 3. **预防措施** - **测试阶段使用小样本**:在大数据上运行前,先用子集测试代码。 - **优先选择稀疏算法**:许多机器学习库(如`glmnet`)支持稀疏输入。 - **文档参考**:查阅`Matrix`包文档(`?sparseMatrix`)或社区资源如Stack Overflow。 通过以上方法,您可以有效避免此警告,提升代码效率。如果数据量极大(如超过10亿元),强烈建议切换到分布式工具如Spark[^1][^3]。
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