OpenST项目中的流式细胞仪空间分割技术解析
项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/op/openst 在空间转录组学研究中，OpenST项目创新性地利用高通量测序仪流式细胞仪作为空间编码载体。本文将深入解析该技术中流式细胞仪分割设计的原理与优化策略。
流式细胞仪的空间分割设计
NovaSeq 6000 S4流式细胞仪采用模块化分割设计，主要分为以下几个层级：
- 整体流式细胞仪：标准尺寸为8通道设计
- 单通道区域：每个通道尺寸为7×89mm，是最大的连续空间单元
- 可自定义分割块：通过3D打印切割模板实现灵活分割
这种分级设计主要基于两个技术考量：
- 通道间存在显著空白区域（约50%空间浪费）
- 单个通道内部仅有微小间隙（<5%空间损失）
空间编码的密度优化
实验数据显示：
- 条形码唯一性>80%，交叉污染风险极低
- 实际空间分辨率达到0.6μm级别
- 单块区域（1.1×1.3mm）可容纳约2000×2000个空间坐标点
设备选型的技术考量
OpenST团队特别推荐使用图案化流式细胞仪（如NovaSeq S4），相比非图案化型号具有以下优势：
- 更高的点阵密度
- 更规则的排布方式
- 更稳定的信号质量
虽然NextSeq 500等设备成本较低，但其流式细胞仪在空间排布密度和稳定性方面存在明显劣势，不适合高精度空间转录组研究。
实际应用建议
对于研究者而言，建议：
- 优先使用NovaSeq S4流式细胞仪
- 根据样本尺寸选择合适的分割方案
- 大样本建议使用完整通道
- 小样本可采用定制化分割方案
该技术方案已通过成人海马体等复杂组织的验证，展现出优异的空间分辨率和转录本捕获效率。
创作声明：本文部分内容由AI辅助生成（AIGC），仅供参考
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