MAMBA项目中TriPath模块临床数据处理要点解析

MAMBA项目中TriPath模块临床数据处理要点解析

MAMBA weakly-supervised computational framework for 3D pathology 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/mamba4/MAMBA

临床数据文件配置问题

在MAMBA项目的TriPath模块训练过程中，临床数据文件的正确配置是关键环节。根据项目文档，训练步骤(Step 3)需要指定临床数据路径参数clinical_path，但文档中未明确说明应使用的具体文件。

临床数据文件详解

项目中的csv/process_clinical_list.csv文件是训练过程所需的核心临床数据文件。该文件包含以下重要字段：

1. BCR状态字段：表示生化复发(Biochemical Recurrence)状态
2. BCR_days字段：记录生化复发发生的时间(天数)

值得注意的是，该文件中的示例数据与相关研究论文中的描述存在差异。论文中BCR状态使用0/1表示，而示例文件中使用"Yes"作为标记；论文中days字段标记为N/A，而示例文件中设为100。这种差异表明示例文件主要用于演示目的。

实际应用建议

对于实际训练应用，需要注意以下几点：

1. 临床数据文件应包含足够数量的样本(至少2个以上)以支持交叉验证
2. BCR状态建议采用标准化编码(如0/1表示)
3. 时间字段应根据实际临床随访数据填写
4. 文件格式应保持与示例一致，确保训练脚本能正确解析

数据获取与处理

项目维护者已更新提供了实际研究中使用的临床数据文件。研究人员在使用时应注意：

1. 检查数据字段与自身研究目的的匹配度
2. 确保数据格式与训练脚本要求一致
3. 对于多中心研究，需统一各中心的临床数据标准

正确配置临床数据文件是确保模型训练效果的重要前提，研究人员应给予足够重视。

MAMBA weakly-supervised computational framework for 3D pathology 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/mamba4/MAMBA