Mordred 分子描述符计算器技术文档

Mordred 分子描述符计算器技术文档

mordred a molecular descriptor calculator 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/mo/mordred

1. 安装指南

1.1 使用 Conda 安装（推荐）

1. 安装 Conda

   • 下载并安装 Miniconda 或 Anaconda。

2. 安装 Mordred

   $ conda install -c rdkit -c mordred-descriptor mordred
   

1.2 使用 Pip 安装

1. 安装 RDKit

   • 安装 RDKit Python 包。

2. 安装 Mordred

   $ pip install 'mordred[full]'  # 安装包含额外依赖的版本
   # 或者
   $ pip install mordred  # 安装基本版本
   

1.3 测试安装

$ python -m mordred.tests

2. 项目使用说明

2.1 命令行使用

2.1.1 计算所有描述符

$ python -m mordred example.smi

2.1.2 保存结果到文件

$ python -m mordred example.smi -o example.csv

2.1.3 流式读取（低内存）

$ python -m mordred example.smi -s -o example.csv

2.1.4 仅计算特定描述符

$ python -m mordred example.smi -d ABCIndex

2.1.5 多个输入文件

$ python -m mordred example.smi example2.smi -d ABCIndex

2.1.6 显示帮助信息

$ python -m mordred --help

2.2 作为库使用

from rdkit import Chem
from mordred import Calculator, descriptors

# 创建描述符计算器
calc = Calculator(descriptors, ignore_3D=True)

# 计算单个分子
mol = Chem.MolFromSmiles('c1ccccc1')
result = calc(mol)[:3]

# 计算多个分子
mols = [Chem.MolFromSmiles(smi) for smi in ['c1ccccc1Cl', 'c1ccccc1O', 'c1ccccc1N']]
df = calc.pandas(mols)
print(df['SLogP'])

3. 项目API使用文档

3.1 主要类和方法

• Calculator: 用于计算分子描述符的主要类。
  • __init__: 初始化计算器，可以选择忽略3D描述符。
  • __call__: 计算单个分子的描述符。
  • pandas: 计算多个分子的描述符并返回Pandas DataFrame。

3.2 描述符列表

Mordred 支持超过1800个二维和三维描述符，具体描述符列表可以通过以下代码查看：

from mordred import Calculator, descriptors
calc = Calculator(descriptors, ignore_3D=False)
print(calc.descriptors)

4. 项目安装方式

4.1 使用 Conda 安装

$ conda install -c rdkit -c mordred-descriptor mordred

4.2 使用 Pip 安装

$ pip install 'mordred[full]'  # 安装包含额外依赖的版本
# 或者
$ pip install mordred  # 安装基本版本

通过以上步骤，您可以顺利安装并使用 Mordred 分子描述符计算器。

mordred a molecular descriptor calculator 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/mo/mordred