MISO LIMS 安装和配置指南

MISO LIMS 安装和配置指南

miso-lims MISO: An open-source LIMS for NGS sequencing centres 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/mi/miso-lims

1. 项目基础介绍和主要编程语言

MISO LIMS（Laboratory Information Management System）是一个开源的实验室信息管理系统，专门为下一代测序（NGS）中心设计。该项目旨在帮助实验室管理和跟踪测序过程中的样本、库、泳道和运行等数据。MISO LIMS 的主要编程语言是 Java，同时也使用了 JavaScript、CSS 等前端技术。

2. 项目使用的关键技术和框架

MISO LIMS 使用了多种关键技术和框架来实现其功能：

• Java: 作为后端的主要编程语言，负责处理业务逻辑和数据管理。
• Spring 框架: 用于构建企业级应用程序，提供依赖注入、面向切面编程等功能。
• Hibernate: 作为 ORM（对象关系映射）框架，简化数据库操作。
• Docker: 用于容器化部署，简化环境配置和部署过程。
• PostgreSQL: 作为数据库管理系统，存储项目数据。
• JavaScript 和 CSS: 用于前端开发，提供用户界面和交互功能。

3. 项目安装和配置的准备工作和详细安装步骤

准备工作

在开始安装 MISO LIMS 之前，请确保您的系统满足以下要求：

• 操作系统: 支持 Docker 的操作系统（如 Ubuntu、CentOS、Windows 10 专业版或企业版、macOS）。
• Docker: 版本 18.06.0 或更高。
• Docker Compose: 用于管理多容器 Docker 应用程序。
• Git: 用于克隆项目代码。

详细安装步骤

步骤 1：克隆项目代码

首先，使用 Git 克隆 MISO LIMS 项目代码到本地：

git clone https://github.com/miso-lims/miso-lims.git
cd miso-lims

步骤 2：下载 Docker 目录

下载并解压项目的 Docker 目录：

wget https://github.com/miso-lims/miso-lims/archive/master.zip
unzip master.zip
mv miso-lims-master/docker miso-lims-compose
rm -r master.zip miso-lims-master/

步骤 3：配置环境变量

进入 miso-lims-compose 目录，并设置必要的环境变量：

cd miso-lims-compose
export MISO_DB_USER=tgaclims
export MISO_DB=lims
export MISO_DB_PASSWORD_FILE=/miso_db_password
export MISO_TAG=latest
echo "changeme" > /miso_db_password

步骤 4：启动 Docker 容器

使用 Docker Compose 启动 MISO LIMS 的演示环境。您可以选择两种模式：

• 简单样本模式（Plain Sample Mode）：

docker-compose -f demo-plain.yml up

• 详细样本模式（Detailed Sample Mode）：

docker-compose -f demo-detailed.yml up

步骤 5：访问 MISO LIMS

启动容器后，打开浏览器并访问 http://localhost，使用默认用户名 admin 和密码 admin 登录。

步骤 6：停止和清理容器

当您完成测试后，可以使用以下命令停止并清理容器：

docker-compose -f <compose-yml> down

其中 <compose-yml> 是您选择的 demo-plain.yml 或 demo-detailed.yml。

总结

通过以上步骤，您已经成功安装并配置了 MISO LIMS 的演示环境。如果您需要长期运行 MISO LIMS，请参考项目的官方文档进行更详细的配置和部署。

miso-lims MISO: An open-source LIMS for NGS sequencing centres 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/mi/miso-lims