WebAssembly在生物信息学中的利器——biowasm项目推荐

WebAssembly在生物信息学中的利器——biowasm项目推荐

biowasm WebAssembly modules for genomics 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/bi/biowasm

biowasm 是一个开源项目，致力于将生物信息学工具从 C/C++ 编译为 WebAssembly (WASM)，使得这些工具可以在网页浏览器中运行。该项目的主要编程语言包括 HTML、C、Shell、Svelte 等。

1. 项目基础介绍

biowasm 项目的目标是降低生物信息学工具的使用门槛，通过将复杂的生物信息学工具转化为 WebAssembly 模块，使得研究人员和开发者能够在网页浏览器中直接运行这些工具，而无需安装专门的软件环境。这种转化不仅提高了工具的可访问性，还使得交互式教程和数据分析变得更加便捷。

2. 核心功能

• 工具编译与运行：biowasm 提供了一系列的生物信息学工具，如 samtools、bedtools、bcftools 等，这些工具被编译为 WebAssembly 模块，可以直接在浏览器中运行。
• 交互式教程：通过在浏览器中运行命令行工具，biowasm 支持创建交互式教程，帮助用户更好地理解和学习生物信息学工具的使用。
• 数据预览与质量控制：项目支持对基因组文件进行预览和质量控制，如使用 samtools 生成 bam 文件，使用 fastp 评估测序数据质量等。

3. 最近更新的功能

• 工具集的扩展：biowasm 项目不断扩展其支持的生物信息学工具集，最近更新的功能包括了新的工具模块，如 minimap2 和 ViralConsensus，用于病毒分子流行病学分析。
• 性能优化：项目持续对现有的 WebAssembly 模块进行性能优化，以提高在浏览器中的运行效率。
• 用户交互体验改善：针对用户的反馈，biowasm 对用户界面和交互流程进行了改进，使得用户在使用这些工具时更加便捷。

biowasm 项目的开源特性和持续的更新使其成为生物信息学领域的一个重要工具，值得广大研究人员和开发者的关注和使用。

biowasm WebAssembly modules for genomics 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/bi/biowasm