开源项目 learning_bam_file 使用教程

开源项目 learning_bam_file 使用教程

learning_bam_fileLearning the Sequence Alignment/Map format项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/le/learning_bam_file

1. 项目的目录结构及介绍

learning_bam_file/
├── Makefile
├── README.md
├── script/
│   └── random_paired_end.pl
├── test_ref.fa
└── eg/
    └── ERR188273_chrX.sam

• Makefile: 包含项目的构建和运行命令。
• README.md: 项目的说明文档。
• script/: 包含项目的脚本文件，如 random_paired_end.pl。
• test_ref.fa: 测试用的参考序列文件。
• eg/: 包含示例文件，如 ERR188273_chrX.sam。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件主要是 Makefile，它包含了项目的构建和运行命令。以下是 Makefile 中的一些关键命令：

# 生成排序后的 BAM 文件
samtools sort eg/ERR188273_chrX.sam -o eg/sorted.bam

# 生成 BAM 文件的统计信息
samtools stats eg/sorted.bam > eg/sorted.stats

# 生成 BAM 文件的头部信息
samtools head eg/sorted.bam > eg/sorted.head

3. 项目的配置文件介绍

项目中没有明确的配置文件，但可以通过修改 Makefile 中的命令参数来调整项目的运行配置。例如，可以通过修改 samtools sort 命令的参数来改变排序方式或输出文件名。

# 修改排序方式和输出文件名
samtools sort -n eg/ERR188273_chrX.sam -o eg/sorted_by_name.bam

通过以上介绍，您可以更好地理解和使用 learning_bam_file 项目。希望本教程对您有所帮助。

learning_bam_fileLearning the Sequence Alignment/Map format项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/le/learning_bam_file