stdpopsim 项目使用教程

stdpopsim 项目使用教程

stdpopsim A library of standard population genetic models 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/st/stdpopsim

1. 项目的目录结构及介绍

stdpopsim/
├── docs/
│   ├── source/
│   └── Makefile
├── stdpopsim/
│   ├── __init__.py
│   ├── cli.py
│   ├── species.py
│   ├── genetic_maps.py
│   ├── models.py
│   └── ...
├── tests/
│   ├── test_cli.py
│   ├── test_species.py
│   └── ...
├── .gitignore
├── LICENSE
├── README.md
├── requirements.txt
├── setup.py
└── ...

目录结构介绍

• docs/: 包含项目的文档源文件和Makefile，用于生成项目的文档。
• stdpopsim/: 项目的主要代码目录，包含核心功能的实现文件。
  • __init__.py: 初始化文件，使目录成为一个Python包。
  • cli.py: 命令行接口的实现文件。
  • species.py: 物种定义和相关功能的实现文件。
  • genetic_maps.py: 遗传图谱相关功能的实现文件。
  • models.py: 人口遗传模型相关功能的实现文件。
• tests/: 包含项目的测试文件，用于测试各个模块的功能。
• .gitignore: Git忽略文件，指定不需要版本控制的文件和目录。
• LICENSE: 项目的开源许可证文件。
• README.md: 项目的介绍文件，包含项目的基本信息和使用说明。
• requirements.txt: 项目依赖的Python包列表。
• setup.py: 项目的安装脚本，用于安装项目及其依赖。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件主要是 stdpopsim/cli.py，该文件实现了命令行接口（CLI），用户可以通过命令行直接与项目进行交互。

cli.py 文件介绍

• 功能: 提供命令行工具，用户可以通过命令行运行人口遗传模拟。
• 主要函数:
  • main(): 主函数，处理命令行参数并调用相应的功能模块。
  • run_simulation(): 运行模拟的函数，根据用户输入的参数执行模拟任务。

使用示例

python stdpopsim/cli.py run_simulation --species Homo_sapiens --model OutOfAfrica_3G09

3. 项目的配置文件介绍

项目的配置文件主要包括 setup.py 和 requirements.txt。

setup.py 文件介绍

• 功能: 用于安装项目及其依赖。
• 主要内容:
  • setup(): 定义项目的元数据和依赖，如项目名称、版本、作者、依赖包等。

requirements.txt 文件介绍

• 功能: 列出项目运行所需的Python包及其版本。
• 内容示例:

  msprime==1.1.1
  numpy==1.21.0
  pandas==1.3.0
  

使用示例

pip install -r requirements.txt
python setup.py install

通过以上步骤，您可以成功安装并使用 stdpopsim 项目进行人口遗传模拟。

stdpopsim A library of standard population genetic models 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/st/stdpopsim