Chai-lab 开源项目使用教程

Chai-lab 开源项目使用教程

chai-lab Chai-1, SOTA model for biomolecular structure prediction 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ch/chai-lab

1. 项目目录结构及介绍

Chai-lab 是一个用于生物分子结构预测的开源项目。以下是项目的目录结构及各部分的简要介绍：

chai-lab/
├── .devcontainer/          # 开发容器配置
├── .github/               # GitHub 工作流文件
├── .vscode/               # Visual Studio Code 配置
├── assets/                # 静态资源文件
├── chai_lab/              # Chai-lab 主模块代码
├── examples/              # 示例代码和脚本
├── scripts/               # 项目脚本
├── tests/                 # 测试代码
├── .gitignore             # Git 忽略文件
├── .pre-commit-config.yaml # pre-commit 配置
├── Dockerfile.chailab     # Dockerfile 文件
├── LICENSE                # Apache-2.0 许可证
├── README.md              # 项目说明文件
├── pyproject.toml         # Python 项目配置
├── requirements.dev       # 开发依赖
├── requirements.in        # 生产依赖
├── ruff.toml              # Ruff linter 配置

• .devcontainer/：包含开发容器配置，有助于在一致的开发环境中工作。
• .github/：包含 GitHub Actions 工作流，用于自动化项目的一些操作。
• .vscode/：包含 Visual Studio Code 项目的配置文件。
• assets/：包含项目的静态资源文件，如图片等。
• chai_lab/：包含 Chai-lab 的主要代码和模块。
• examples/：包含示例代码和脚本，用于演示如何使用 Chai-lab。
• scripts/：包含项目相关的脚本文件。
• tests/：包含项目的单元测试代码。
• .gitignore：指定 Git 忽略的文件和目录。
• .pre-commit-config.yaml：pre-commit 配置文件，用于在提交代码前自动运行一些检查。
• Dockerfile.chailab：Dockerfile 文件，用于构建 Chai-lab 的 Docker 容器。
• LICENSE：Apache-2.0 许可证文件，说明了项目的许可证信息。
• README.md：项目的说明文件，包含了项目的基本信息和如何使用。
• pyproject.toml：Python 项目配置文件，用于定义项目依赖和其他元数据。
• requirements.dev 和 requirements.in：分别包含开发环境和生产环境的依赖。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动通常涉及执行主模块中的某些函数或脚本。以下是项目中的一个示例启动脚本：

examples/predict_structure.py

该脚本是一个简单的 Python 脚本，用于演示如何使用 Chai-lab 的 run_inference 函数来预测生物分子结构。下面是该脚本的主要内容：

# 导入必要的模块
from chai_lab.chai1 import run_inference

# 定义输入和输出文件
input_fasta = "input.fasta"
output_folder = "output_folder"

# 运行预测
run_inference(input_fasta, output_folder)

要启动这个脚本，你需要在项目的根目录下运行以下命令：

python examples/predict_structure.py

确保你已经安装了 Chai-lab 和所有依赖项。

3. 项目的配置文件介绍

Chai-lab 使用了几个配置文件来管理依赖、环境和代码风格等。以下是主要的配置文件及其作用：

• pyproject.toml：Python 项目配置文件，定义了项目的依赖关系。例如：

[build-system]
requires = ["setuptools", "wheel"]

[tool.poetry]
name = "chai-lab"
version = "0.6.1"
description = "A multi-modal foundation model for molecular structure prediction"
authors = ["Chai Discovery"]

[tool.poetry.dependencies]
python = "^3.10"

[tool.poetry.dev-dependencies]
pytest = "^6.2"

• requirements.dev 和 requirements.in：这些文件定义了项目的开发和生产依赖。例如 requirements.dev 可能包含：

pytest==6.2.5
pytest-cov==3.0.0

• .pre-commit-config.yaml：pre-commit 配置文件，用于在代码提交前自动执行代码风格检查和格式化。例如：

- repo: https://github.com/pre-commit/pre-commit
  rev: v2.19.0
  hooks:
    - id: black
    - id: isort

了解和使用这些配置文件可以帮助你更好地管理和维护 Chai-lab 项目。

chai-lab Chai-1, SOTA model for biomolecular structure prediction 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ch/chai-lab