DataJoint Python 项目教程

DataJoint Python 项目教程

datajoint-pythonRelational data pipelines for the science lab 项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/da/datajoint-python

1. 项目的目录结构及介绍

DataJoint Python 项目的目录结构如下：

datajoint-python/
├── datajoint/
│   ├── __init__.py
│   ├── admin.py
│   ├── attribute_adapter.py
│   ├── autopopulate.py
│   ├── blob.py
│   ├── condition.py
│   ├── connection.py
│   ├── declare.py
│   ├── dependencies.py
│   ├── diagram.py
│   ├── errors.py
│   ├── expression.py
│   ├── external.py
│   ├── fetch.py
│   ├── hash.py
│   ├── heading.py
│   ├── jobs.py
│   ├── logging.py
│   ├── migrate.py
│   ├── plugin.py
│   ├── preview.py
│   ├── s3.py
│   └── refresh.py
├── tests/
│   ├── test_admin.py
│   ├── test_attribute_adapter.py
│   ├── test_autopopulate.py
│   ├── test_blob.py
│   ├── test_condition.py
│   ├── test_connection.py
│   ├── test_declare.py
│   ├── test_dependencies.py
│   ├── test_diagram.py
│   ├── test_errors.py
│   ├── test_expression.py
│   ├── test_external.py
│   ├── test_fetch.py
│   ├── test_hash.py
│   ├── test_heading.py
│   ├── test_jobs.py
│   ├── test_logging.py
│   ├── test_migrate.py
│   ├── test_plugin.py
│   ├── test_preview.py
│   └── test_s3.py
├── .gitignore
├── LICENSE
├── README.md
├── requirements.txt
└── setup.py

目录结构介绍

• datajoint/: 包含 DataJoint Python 框架的核心代码文件。
  • __init__.py: 初始化文件，用于导入模块。
  • admin.py, attribute_adapter.py, autopopulate.py, 等: 各个功能模块的实现文件。
• tests/: 包含项目的测试代码文件，用于测试各个功能模块。
• .gitignore: Git 忽略文件，指定不需要版本控制的文件和目录。
• LICENSE: 项目的开源许可证文件。
• README.md: 项目的说明文档，通常包含项目介绍、安装方法、使用说明等。
• requirements.txt: 项目依赖的 Python 包列表。
• setup.py: 用于安装项目的脚本文件。

2. 项目的启动文件介绍

DataJoint Python 项目的启动文件通常是 datajoint/__init__.py。这个文件负责初始化 DataJoint 模块，并导入其他必要的模块。

# datajoint/__init__.py

from .admin import *
from .attribute_adapter import *
from .autopopulate import *
from .blob import *
from .condition import *
from .connection import *
from .declare import *
from .dependencies import *
from .diagram import *
from .errors import *
from .expression import *
from .external import *
from .fetch import *
from .hash import *
from .heading import *
from .jobs import *
from .logging import *
from .migrate import *
from .plugin import *
from .preview import *
from .s3 import *
from .refresh import *

__all__ = [
    'admin', 'attribute_adapter', 'autopopulate', 'blob', 'condition', 'connection',
    'declare', 'dependencies', 'diagram', 'errors', 'expression', 'external', 'fetch',
    'hash', 'heading', 'jobs', 'logging', 'migrate', 'plugin', 'preview', 's3', 'refresh'
]

3. 项目的配置文件介绍

DataJoint Python 项目的配置文件通常是通过环境变量或 Python 代码进行设置的。以下是配置文件的介绍：

环境变量配置

在使用 DataJoint 之前，需要设置以下环境变量：

export DJ_HOST=tutorial-db.datajoint.io
export DJ_USER=[user]
export DJ_PASS=[password]

Python 代码配置

在 Python 代码中，可以通过以下方式设置连接配置：

import datajoint as dj

dj.config["database.host"] = "tutorial-db.datajoint.io"
dj.config["database.user"] = "[user]"
dj.config["database.password"] = "[password]"

这些配置可以保存在本地或系统范围内，具体方法如下：

dj.config.save_local()  # 保存到本地配置文件
dj.config.save_global()  # 保存到全局配置文件

通过以上配置，DataJoint 可以连接到指定的 MySQL 数据库服务器，并进行数据操作。

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