项目结构与使用教程

项目结构与使用教程

compleasm A genome completeness evaluation tool based on miniprot 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/co/compleasm

1. 项目目录结构及介绍

compleasm 项目目录结构如下：

compleasm/
├── Dockerfile
├── LICENSE
├── LICENSE-BUSCO
├── README.md
├── _version.py
├── compleasm.py
├── setup.py
└── compleasm_kit/
    ├── __init__.py
    ├── compleasm.py
    └── ...

主要目录和文件介绍：

• Dockerfile: 用于构建包含 compleasm 的 Docker 镜像。
• LICENSE 和 LICENSE-BUSCO: 分别为项目的 Apache-2.0 许可证和 BUSCO 相关的许可证文件。
• README.md: 项目说明文件，包含项目的基本信息和安装使用说明。
• _version.py: 包含项目版本信息的 Python 文件。
• compleasm.py: 项目的主要执行文件。
• setup.py: 用于项目打包和安装的配置文件。
• compleasm_kit/: 包含项目核心逻辑和模块的目录。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件为 compleasm.py，这是项目的主要执行脚本。它提供了各种命令行参数，用于运行不同的任务，如评估基因组完整性、下载指定谱系、运行序列比对等。

基本使用方法：

python compleasm.py <command> [options]

其中 <command> 是要执行的命令，例如 run、analyze、download 等，[options] 是可选参数。

示例：

运行基因组完整性评估：

python compleasm.py run -a genome.fasta -o output_dir -l eukaryota -t 8

3. 项目的配置文件介绍

项目的配置文件为 setup.py，它用于定义项目的元数据和安装过程中的依赖项。

配置文件内容示例：

from setuptools import setup, find_packages

setup(
    name='compleasm',
    version='0.2.7',
    packages=find_packages(),
    install_requires=[
        'pandas'
    ],
    entry_points={
        'console_scripts': [
            'compleasm=compleasm_kit.compleasm:main',
        ],
    },
    # 更多配置项...
)

在这个配置文件中，定义了项目名称、版本、包列表、安装依赖以及命令行脚本入口等。

以上就是 compleasm 项目的目录结构、启动文件和配置文件的介绍。希望这些信息能帮助您更好地理解和使用这个开源项目。

compleasm A genome completeness evaluation tool based on miniprot 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/co/compleasm