SingleM 项目使用教程

SingleM 项目使用教程

singlem Novelty-inclusive microbial community profiling of shotgun metagenomes 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/si/singlem

1. 项目目录结构及介绍

SingleM 项目的目录结构如下：

singlem/
├── docs/
├── extras/
├── singlem/
├── test/
├── .gitignore
├── CHANGELOG.md
├── CITATION.cff
├── LICENCE.txt
├── MANIFEST.in
├── README.md
├── build_docs.py
├── doctave.yml
├── joel_logo.png
├── joel_logo.svg
├── prelude
├── release.py
├── setup.py
└── singlem.yml

目录介绍

• docs/: 存放项目的文档文件。
• extras/: 存放额外的资源文件。
• singlem/: 存放项目的主要代码文件。
• test/: 存放项目的测试代码文件。
• .gitignore: Git 忽略文件配置。
• CHANGELOG.md: 项目更新日志。
• CITATION.cff: 项目引用信息。
• LICENCE.txt: 项目许可证文件。
• MANIFEST.in: 项目打包清单文件。
• README.md: 项目介绍和使用说明。
• build_docs.py: 构建文档的脚本。
• doctave.yml: 文档配置文件。
• joel_logo.png: 项目图标文件。
• joel_logo.svg: 项目图标文件。
• prelude: 项目预处理文件。
• release.py: 项目发布脚本。
• setup.py: 项目安装脚本。
• singlem.yml: 项目配置文件。

2. 项目启动文件介绍

SingleM 项目的启动文件是 setup.py。该文件用于项目的安装和配置。通过运行以下命令可以安装 SingleM：

python setup.py install

3. 项目配置文件介绍

SingleM 项目的主要配置文件是 singlem.yml。该文件包含了项目的各种配置选项，例如数据库路径、输出路径等。以下是一个示例配置文件的内容：

database_path: /path/to/database
output_path: /path/to/output
log_level: INFO

配置项说明

• database_path: 指定数据库的路径。
• output_path: 指定输出文件的路径。
• log_level: 指定日志的级别，例如 INFO、DEBUG 等。

通过修改 singlem.yml 文件，可以自定义 SingleM 的行为和输出。

singlem Novelty-inclusive microbial community profiling of shotgun metagenomes 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/si/singlem