LIGER：多单细胞数据集整合与分析的开源R包

LIGER：多单细胞数据集整合与分析的开源R包

liger R package for integrating and analyzing multiple single-cell datasets 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/li/liger

项目基础介绍

LIGER（Linked Inference of Genomic Experimental Relationships）是一个用于整合和分析多个单细胞数据集的开源R包。该项目由Macosko实验室开发，并由Welch实验室维护和扩展。LIGER基于整合的非负矩阵分解技术，旨在识别共享和特定于数据集的因素。主要编程语言为R和C++。

项目核心功能

LIGER的核心功能包括：

• 整合多个单细胞数据集，包括跨实验批次、个体、性别、组织以及物种（如小鼠和人类）的数据。
• 提供进一步的数据探索、分析和可视化工具。
• 识别聚类群。
• 确定显著的共享（和特定于数据集的）基因标记。
• 与已知的细胞类型进行聚类比较。
• 使用t-SNE和UMAP可视化聚类和基因表达。

项目最近更新的功能

LIGER最近的更新带来了以下新功能：

• 新增了一种名为centroidAlign()的细胞因子对齐方法，该方法通过移动软聚类中心来对齐细胞因子加载。在批次效应去除和生物信息保存方面，其整体性能优于许多知名方法。
• 引入了runCINMF()函数，该函数通过多次运行常规iNMF，每次使用不同的随机初始化，并总结出一个更可靠的共识结果。
• 为了提高可用性和与其他软件包的互操作性，LIGER在版本2.0.0后进行了大规模更新。

以上是LIGER项目的基础介绍和主要功能，以及最近的更新内容。作为一个强大的单细胞数据分析工具，LIGER为科研工作者提供了宝贵的资源，有助于深入探索细胞行为的复杂性。

liger R package for integrating and analyzing multiple single-cell datasets 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/li/liger