Bactopia 项目使用教程

Bactopia 项目使用教程

bactopia A flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ba/bactopia

1. 项目的目录结构及介绍

Bactopia 项目的目录结构如下：

bactopia/
├── bin/
├── configs/
├── docs/
├── modules/
├── templates/
├── tests/
├── workflows/
├── CHANGELOG.md
├── LICENSE
├── README.md
└── main.nf

目录介绍：

• bin/: 包含 Bactopia 的可执行脚本。
• configs/: 包含项目的配置文件模板。
• docs/: 包含项目的文档，包括用户指南、教程等。
• modules/: 包含 Nextflow 模块文件，用于定义不同的分析步骤。
• templates/: 包含 Nextflow 模板文件，用于生成配置文件。
• tests/: 包含测试脚本和测试数据。
• workflows/: 包含主要的 Nextflow 工作流文件。
• CHANGELOG.md: 记录项目的更新日志。
• LICENSE: 项目的开源许可证。
• README.md: 项目的主文档，包含项目的基本信息和使用说明。
• main.nf: 项目的主工作流文件。

2. 项目的启动文件介绍

Bactopia 项目的主启动文件是 main.nf。这个文件定义了整个工作流的流程，包括数据输入、处理步骤和输出结果。用户可以通过运行 nextflow run main.nf 来启动 Bactopia 工作流。

启动命令示例：

nextflow run main.nf --R1 R1.fastq.gz --R2 R2.fastq.gz --sample SAMPLE_NAME --outdir OUTDIR

3. 项目的配置文件介绍

Bactopia 项目的配置文件主要位于 configs/ 目录下。这些配置文件用于定义工作流的参数、资源需求和工具路径。

配置文件示例：

configs/
├── base.config
├── cluster.config
├── docker.config
├── singularity.config
└── test.config

配置文件介绍：

• base.config: 基础配置文件，定义了工作流的基本参数。
• cluster.config: 集群配置文件，用于在集群环境中运行工作流。
• docker.config: Docker 配置文件，用于在 Docker 容器中运行工作流。
• singularity.config: Singularity 配置文件，用于在 Singularity 容器中运行工作流。
• test.config: 测试配置文件，用于测试工作流的正确性。

用户可以根据自己的需求选择合适的配置文件，并通过 -c 参数指定配置文件路径。

配置文件使用示例：

nextflow run main.nf -c configs/docker.config --R1 R1.fastq.gz --R2 R2.fastq.gz --sample SAMPLE_NAME --outdir OUTDIR

通过以上步骤，用户可以顺利启动并配置 Bactopia 项目，进行细菌基因组数据的全面分析。

bactopia A flexible pipeline for complete analysis of bacterial genomes 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ba/bactopia