Pulseq 开源项目教程

Pulseq 开源项目教程

pulseq Open source framework for pulse sequences 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/pu/pulseq

1. 项目介绍

Pulseq 是一个开源框架，用于开发、表示和执行磁共振（MR）序列。该项目的主要贡献之一是提供了一种开放的文件格式，用于紧凑地描述适合在 MRI 扫描仪或 NMR 光谱仪上执行的 MR 序列。Pulseq 提供了 MATLAB 和 C++ 源代码，用于读取和写入序列文件。

Pulseq 的主要主页是 http://pulseq.github.io/。本教程基于 GitHub 仓库中的源代码进行编写。

2. 项目快速启动

2.1 环境准备

在开始之前，请确保您的系统满足以下要求：

• MATLAB 或 C++ 编译环境
• Doxygen（可选，用于生成 HTML 源代码文档）
• LaTeX（可选，用于构建文件规范 PDF）
• Python（可选，用于运行构建测试）

2.2 下载项目

您可以通过以下命令从 GitHub 下载 Pulseq 项目：

git clone https://github.com/pulseq/pulseq.git

2.3 编译和运行

2.3.1 MATLAB 环境

1. 打开 MATLAB 并导航到 Pulseq 项目的 matlab 目录。
2. 运行以下命令以加载示例序列：

addpath('matlab');
seq = mr.Sequence();

2.3.2 C++ 环境

1. 导航到 Pulseq 项目的 src 目录。
2. 使用以下命令编译项目：

make

3. 运行生成的可执行文件：

./pulseq

3. 应用案例和最佳实践

3.1 应用案例

Pulseq 广泛应用于磁共振成像（MRI）和核磁共振（NMR）领域。以下是一些常见的应用案例：

• MRI 序列开发：使用 Pulseq 开发新的 MRI 序列，以满足特定的成像需求。
• NMR 光谱分析：利用 Pulseq 生成和执行 NMR 光谱序列，进行化学分析。

3.2 最佳实践

• 模块化设计：在开发新序列时，建议采用模块化设计，以便于维护和扩展。
• 文档化：为每个模块和函数编写详细的文档，以便其他开发者能够理解和使用您的代码。
• 测试驱动开发：在编写代码之前，先编写测试用例，确保代码的正确性和稳定性。

4. 典型生态项目

Pulseq 作为一个开源项目，与其他相关项目形成了丰富的生态系统。以下是一些典型的生态项目：

• Gadgetron：一个用于处理和重建 MRI 数据的框架，与 Pulseq 结合使用可以实现完整的 MRI 数据处理流程。
• ISMRM Raw Data Format：一种用于存储和交换 MRI 原始数据的格式，Pulseq 生成的序列数据可以与该格式兼容。
• MRiLab：一个用于 MRI 模拟的开源工具箱，可以与 Pulseq 结合使用，进行 MRI 序列的仿真和验证。

通过这些生态项目的结合，Pulseq 可以实现更复杂的 MRI 和 NMR 应用，满足不同领域的研究需求。

pulseq Open source framework for pulse sequences 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/pu/pulseq