Oncoscape 的安装和配置教程-优快云博客

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Oncoscape 的安装和配置教程

Oncoscape a web application to apply/develop analysis tools for Molecular and Clinical data 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/on/Oncoscape

1. 项目基础介绍和主要编程语言

Oncoscape 是一个开源的数据集成和可视化平台，旨在为癌症研究人员提供一种简便的方式来整合和探索复杂的癌症数据。该项目的目标是加速癌症研究的进展，通过提供一套工具来帮助科学家更好地理解和分析大规模的生物学和临床数据。Oncoscape 使用的主要编程语言是 Python，同时也利用了 JavaScript、HTML 和 CSS 等前端技术。

2. 项目使用的关键技术和框架

在技术架构上，Oncoscape 使用了以下关键技术和框架：

Python：后端开发语言，用于数据处理和逻辑实现。
Django：一个高级的 Python Web 框架，用于快速开发安全且易于维护的网站。
React：用于构建用户界面的 JavaScript 库，为用户提供流畅的交互体验。
Bootstrap：前端框架，用于响应式布局和组件设计。
PostgreSQL：一个功能强大的开源对象关系型数据库系统，用于数据存储和管理。

3. 项目安装和配置的准备工作及详细安装步骤

准备工作

在开始安装 Oncoscape 之前，请确保您的系统满足以下要求：

操作系统：推荐使用 Ubuntu 18.04 或更高版本。
Python 版本：Python 3.6 或更高版本。 -pip：Python 包管理器，用于安装 Python 包。

安装步骤

安装依赖

首先，确保您的系统中已安装了 Python 和 pip。然后安装必要的系统依赖：

sudo apt-get update
sudo apt-get install -y python3-pip build-essential libpq-dev python3-dev \
python3-pandas python3-matplotlib python3-scipy python3-numpy \
python3 Pillow python3-django python3-gunicorn

安装 Oncoscape

克隆 Oncoscape 仓库到本地：

git clone https://github.com/FredHutch/Oncoscape.git
cd Oncoscape

安装 Python 依赖：

pip3 install -r requirements.txt

设置数据库

安装 PostgreSQL 并创建数据库：

sudo apt-get install -y postgresql
sudo su - postgres
createuser -s -d oncoscape_user
createdb -O oncoscape_user oncoscape_db
exit

修改 local_settings.py 文件，配置数据库连接信息：

DATABASES = {
    'default': {
        'ENGINE': 'django.db.backends.postgresql_psycopg2',
        'NAME': 'oncoscape_db',
        'USER': 'oncoscape_user',
        'PASSWORD': 'your_password',
        'HOST': 'localhost',
        'PORT': '5432',
    }
}

运行 Oncoscape

收集静态文件并运行开发服务器：
```
python3 manage.py collectstatic --noinput
python3 manage.py runserver
```
在浏览器中访问 http://127.0.0.1:8000，Oncoscape 应该已经可以使用了。