Phinch 开源项目教程

Phinch 开源项目教程

Phinch Phinch is an open-source framework for visualizing biological data, funded by a grant from the Alfred P. Sloan foundation. This project represents an interdisciplinary collaboration between Pitch Interactive, a data visualization studio in Oakland, CA, and biological researchers at UC Riverside. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ph/Phinch

1. 项目介绍

Phinch 是一个用于可视化生物数据的开放源代码框架，由 Alfred P. Sloan 基金会资助。该项目代表了 Pitch Interactive（位于加利福尼亚州奥克兰的数据可视化工作室）与加州大学河滨分校的生物研究人员之间的跨学科合作。Phinch 提供了一个交互式可视化工具，使用户能够探索和操作大型生物数据集，无论是基因、蛋白质还是微生物物种。

Phinch 主要针对 Chrome 浏览器进行了优化，目前支持对 .biom 文件（生物观察矩阵，一种 JSON 格式的文件类型，通常用于表示标记基因 OTU 或宏基因组数据）的下游分析。所有样本元数据和分类/本体信息必须在上传前嵌入 .biom 文件中。

2. 项目快速启动

安装 CoffeeScript

Phinch 是用 CoffeeScript 编写的，CoffeeScript 是一种编译成 JavaScript 的编程语言。要本地安装 Phinch，您需要安装 CoffeeScript 并编译代码。

# 安装 CoffeeScript
sudo npm install -g coffee-script@1.12.7

编译 Phinch 代码

进入您的本地 Phinch 文件夹，并编译代码。

# 进入本地 Phinch 文件夹
cd /path/to/Phinch

# 编译代码
coffee -o scripts/ -cw src/

运行 Phinch

编译完成后，您可以通过浏览器打开 index.html 文件来运行 Phinch。

# 打开 index.html
open index.html

3. 应用案例和最佳实践

应用案例

Phinch 已被广泛应用于生物数据的可视化，特别是在基因组学和宏基因组学领域。例如，研究人员可以使用 Phinch 来可视化微生物群落的数据，帮助识别不同样本之间的差异和相似性。

最佳实践

1. 数据准备：在使用 Phinch 之前，确保您的 .biom 文件包含所有必要的元数据和分类信息。
2. 浏览器选择：Phinch 在 Chrome 浏览器中表现最佳，建议使用 Chrome 进行数据可视化。
3. 数据格式：Phinch 支持“稀疏”和“密集”BIOM 格式，但建议使用稀疏格式，因为文件大小更小。

4. 典型生态项目

Phinch 作为一个开源项目，与其他生物信息学工具和框架有着紧密的联系。以下是一些与 Phinch 相关的典型生态项目：

1. QIIME：一个用于分析高通量微生物群落数据的软件包，可以生成 Phinch 所需的 .biom 文件。
2. D3.js：一个用于数据可视化的 JavaScript 库，Phinch 使用 D3.js 来实现其交互式图表。
3. IndexedDB：一个浏览器内置的数据库，Phinch 使用 IndexedDB 来存储和检索数据。

通过这些生态项目的结合，Phinch 能够提供一个强大的生物数据可视化平台，帮助研究人员更好地理解和分析复杂的生物数据。

Phinch Phinch is an open-source framework for visualizing biological data, funded by a grant from the Alfred P. Sloan foundation. This project represents an interdisciplinary collaboration between Pitch Interactive, a data visualization studio in Oakland, CA, and biological researchers at UC Riverside. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ph/Phinch