UniverSeg 开源项目使用教程

UniverSeg 开源项目使用教程

UniverSegUniverSeg: Universal Medical Image Segmentation项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/un/UniverSeg

项目介绍

UniverSeg 是一个用于通用医学图像分割的开源项目，由 Victor Ion Butoi、Jose Javier Gonzalez Ortiz、Tianyu Ma、Mert R Sabuncu、John Guttag 和 Adrian V Dalca 等人开发。该项目的目标是提供一个单一的全球模型，能够对来自新分割任务的图像进行预测，而无需为每个新任务训练新的模型。UniverSeg 在 ICCV 2023 上发表，并提供了详细的论文和代码实现。

项目快速启动

安装

你可以通过以下两种方式安装 UniverSeg：

使用 pip 安装

pip install universeg

手动安装

1. 克隆仓库

git clone https://github.com/JJGO/UniverSeg.git

2. 安装依赖

cd UniverSeg
python -m pip install -r requirements.txt
export PYTHONPATH="$PYTHONPATH:$(realpath .)"

使用示例

以下是一个简单的使用示例，展示如何加载预训练模型并进行预测：

from universeg import universeg

# 加载预训练模型
model = universeg(pretrained=True)

# 准备输入数据
target_image = ...  # (B, 1, H, W)
support_images = ...  # (B, S, 1, H, W)
support_labels = ...  # (B, S, 1, H, W)

# 进行预测
prediction = model(target_image, support_images, support_labels)  # -> (B, 1, H, W)

确保输入图像的像素值在 $[0, 1]$ 范围内，并且空间维度为 $(H, W) = (128, 128)$。

应用案例和最佳实践

UniverSeg 在多个医学图像分割任务中表现出色，特别是在少样本学习场景下。以下是一些应用案例：

案例1：脑部 MRI 分割

使用 UniverSeg 对脑部 MRI 图像进行分割，可以快速准确地识别出脑部结构，如脑室、脑白质等。

案例2：心脏 CT 分割

在心脏 CT 图像分割任务中，UniverSeg 能够有效地分割出心脏的不同区域，如心室、心房等。

最佳实践

• 数据预处理：确保输入图像的像素值在 $[0, 1]$ 范围内，并且空间维度为 $(H, W) = (128, 128)$。
• 模型选择：根据具体任务选择合适的预训练模型。
• 参数调优：根据具体应用场景调整模型参数，以达到最佳性能。

典型生态项目

UniverSeg 作为一个通用的医学图像分割工具，可以与其他医学图像处理项目结合使用，形成完整的解决方案。以下是一些典型的生态项目：

1. MedPy

MedPy 是一个医学图像处理库，提供了丰富的图像处理功能，可以与 UniverSeg 结合使用，进行更复杂的图像分析。

2. MONAI

MONAI 是一个针对医学图像分析的深度学习框架，提供了大量的预处理和后处理工具，可以与 UniverSeg 结合使用，提高分割任务的性能。

3. NiftyNet

NiftyNet 是一个用于医学图像分析的深度学习框架，提供了多种网络架构和训练策略，可以与 UniverSeg 结合使用，进行更复杂的医学图像分割任务。

通过结合这些生态项目，可以构建出更强大的医学图像分析系统，提高分割任务的准确性和效率。

UniverSegUniverSeg: Universal Medical Image Segmentation项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/un/UniverSeg