IsoSeq3 开源项目教程

IsoSeq3 开源项目教程

IsoSeq项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/is/isoseq3

项目介绍

IsoSeq3 是一个用于从单分子 PacBio 读取数据中发现可扩展的新型异构体（isoform）的工具。该项目包含最新的工具，用于识别 PacBio 单分子测序数据中的转录本。从 SMRT Link v6.0.0 开始，这些工具支持基于 IsoSeq3 GUI 的分析应用程序。通过结合现有工具和算法与新的聚类技术，IsoSeq3 能够处理不断增加的 PacBio 机器产量，同时保持与 IsoSeq1 和 IsoSeq2 相似的性能。

项目快速启动

安装

首先，通过 bioconda 安装 IsoSeq3：

conda install isoseq3

基本使用

以下是一个基本的 IsoSeq3 使用流程示例：

1. 聚类：

isoseq3 cluster demux_primer_5p--primer_3p.bam unpolished.bam --split-bam 24

2. 抛光：

isoseq3 polish unpolished_0.bam sample_subreadset.xml polished_0.bam
isoseq3 polish unpolished_1.bam sample_subreadset.xml polished_1.bam

应用案例和最佳实践

案例一：大规模数据处理

随着 Sequel 系统的吞吐量不断增加，IsoSeq3 提供了一个可扩展的软件解决方案，能够处理数百万个 CCS 读取，同时保持敏感性和准确性。内部基准测试显示，IsoSeq3 比当前使用的解决方案快几个数量级，并且 SQANTI 将 IsoSeq3 归因于更多完美注释的异构体。

最佳实践

• 并行处理：利用并行处理能力，可以显著提高处理速度。
• 数据质量控制：在处理前进行数据质量控制，确保输入数据的质量。

典型生态项目

SMRT Link

SMRT Link 是一个集成平台，提供了一系列工具和应用程序，用于分析 PacBio 测序数据。IsoSeq3 工具在 SMRT Link 中得到支持，为用户提供了一个图形界面的分析环境。

SQANTI

SQANTI 是一个用于长读长转录本分析的工具，它与 IsoSeq3 结合使用，可以提供更深入的异构体注释和分析。

通过这些生态项目的支持，IsoSeq3 能够为用户提供一个全面的解决方案，用于处理和分析 PacBio 单分子测序数据。

IsoSeq项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/is/isoseq3