Assembled Genomes Compressor (AGC) 项目推荐

Assembled Genomes Compressor (AGC) 项目推荐

agc Assembled Genomes Compressor 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ag/agc

项目基础介绍和主要编程语言

Assembled Genomes Compressor (AGC) 是一个用于压缩从头组装的基因组集合的工具。该项目主要使用C++编程语言开发，旨在为各种类型的数据集（包括短基因组如病毒和长基因组如人类）提供高效的压缩解决方案。

项目核心功能

AGC 的核心功能包括：

1. 高压缩比：特别适用于高质量基因组的压缩，例如人类泛基因组项目中的96个单倍型序列、GRCh 38参考基因组和CHM13 v1.1组装，这些数据集在压缩后可以减少到不到1.5GB。
2. 快速访问：压缩后的样本可以快速提取，单个样本或连续片段的提取只需几秒钟。
3. 快速压缩：在AMD TR 3990X（使用32个线程）上，压缩人类泛基因组项目的集合大约需要12分钟。
4. 灵活的压缩模式：支持多种压缩模式，包括自适应模式（适用于细菌数据）和批量压缩模式。
5. 支持多种操作系统：项目支持Windows、Linux和MacOS操作系统，并提供了相应的编译选项。

项目最近更新的功能

AGC 项目最近的更新包括：

1. 3.1版本（2024年3月18日）：

   • 改进了对gzipped输入的压缩速度。
   • 增加了对ARM架构CPU的支持（如Mac M1/M2）。
   • 增加了对参考样本名称的报告功能。
   • 修复了从gzipped输入中截断.fa文件的问题。
   • 修复了Python库中的GetCtgSeq()函数。
   • 在解压缩模式中增加了可选的gzipping功能。
   • 修复了一些小bug。

2. 3.0版本（2022年12月22日）：

   • 改进了压缩比（略微提高了压缩率）。
   • 改进了存档格式，使得包含大量样本的存档查询速度更快。
   • 修复了一些bug。

3. 2.1版本（2022年5月9日）：

   • 修复了在append模式下的bug（在2.0版本中，运行append可能会产生不正确的存档）。

4. 2.0版本（2022年4月5日）：

   • 增加了可选的自适应模式（特别适用于细菌数据）。
   • 增加了新的模式：解压缩整个集合。
   • 改进了存档格式（更紧凑）：AGC 1.x工具无法读取AGC 2.x存档，但AGC 2.x工具可以操作AGC 1.x和AGC 2.x存档。

通过这些更新，AGC 项目不断优化其性能和功能，为用户提供更高效、更灵活的基因组压缩解决方案。

agc Assembled Genomes Compressor 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ag/agc