Medaka 开源项目使用教程

Medaka 开源项目使用教程

medaka Sequence correction provided by ONT Research 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/me/medaka

1. 项目的目录结构及介绍

Medaka 是一个用于创建纳米孔测序数据共识序列和变异调用的工具。以下是 Medaka 项目的目录结构及其介绍：

medaka/
├── docs/               # 项目文档目录
│   ├── images/         # 文档中使用的图片
│   └── ...             # 其他文档文件
├── medaka/             # 主要代码目录
│   ├── __init__.py     # Python 包初始化文件
│   ├── ...             # 其他 Python 模块和脚本
├── scripts/            # 项目脚本目录
│   ├── build-wheels.sh # 构建 wheel 包的脚本
│   ├── build.py        # 构建脚本
│   └── ...             # 其他脚本文件
├── src/                # 源代码目录
│   ├── ...             # 源代码文件
├── submodules/         # 子模块目录
│   ├── ...             # 子模块文件
├── .coveragerc         # 代码覆盖率配置文件
├── .dockerignore       # Docker 忽略文件
├── .gitattributes      # Git 属性文件
├── .gitignore          # Git 忽略文件
├── .gitlab-ci.yml      # GitLab CI 配置文件
├── .gitmodules         # Git 子模块配置文件
├── CHANGELOG.md        # 项目变更日志
├── LICENSE             # 项目许可证
├── MANIFEST.in         # Python 包清单文件
├── Makefile            # Makefile 文件
├── README.md           # 项目自述文件
├── build-wheels.sh     # 构建 wheel 包的脚本
├── build.py            # 构建脚本
├── pyproject.toml      # Python 项目配置文件
├── requirements.txt    # 项目依赖文件
└── setup.py            # Python 包安装脚本

2. 项目的启动文件介绍

Medaka 项目的启动文件主要是 medaka_consensus 和 medaka_variant。这两个脚本用于启动共识序列生成和变异调用任务。

medaka_consensus

medaka_consensus 是用于生成共识序列的启动脚本。它需要一个草稿组装文件（fasta 格式）和基本调用文件（fasta 或 fastq 格式）。以下是使用示例：

medaka_consensus -i basecalls.fa -d draft_assm/assm_final.fa -o medaka_consensus -t $(nproc)

medaka_variant

medaka_variant 是用于变异调用的启动脚本。它需要读取文件（fasta 或 fastq 格式）和参考序列文件（fasta 格式）。以下是使用示例：

medaka_variant -i reads.fastq -r ref.fasta

3. 项目的配置文件介绍

Medaka 项目的配置文件主要包括以下几个：

pyproject.toml

pyproject.toml 是 Python 项目的配置文件，用于定义项目的构建系统和依赖项。

requirements.txt

requirements.txt 文件列出了项目所需的所有 Python 依赖项。

setup.py

setup.py 是 Python 包的安装脚本，用于定义包的元数据和依赖项。

Makefile

Makefile 文件用于定义项目的构建规则和任务。

.gitignore

.gitignore 文件用于指定 Git 版本控制系统应忽略的文件和目录。

.gitlab-ci.yml

.gitlab-ci.yml 文件用于配置 GitLab CI/CD 管道。

LICENSE

LICENSE 文件包含了项目的许可证信息。

README.md

README.md 文件是项目的自述文件，包含了项目的概述、安装说明和使用指南。

通过以上介绍，您可以更好地理解和使用 Medaka 开源项目。

medaka Sequence correction provided by ONT Research 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/me/medaka