MolTrans项目使用教程

MolTrans项目使用教程

MolTrans MolTrans: Molecular Interaction Transformer for Drug Target Interaction Prediction (Bioinformatics) 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/mo/MolTrans

1. 项目目录结构及介绍

MolTrans项目的目录结构如下所示：

MolTrans/
├── dataset/          # 存放处理好的数据集
├── .gitignore        # 指定Git应该忽略的文件和目录
├── LICENSE           # 项目使用的许可证信息
├── README.md         # 项目说明文件
├── config.py         # 项目配置文件
├── example.ipynb     # 示例Jupyter笔记本文件
├── models.py         # 定义模型结构的Python文件
├── requirements.txt  # 项目依赖的Python库列表
├── setup.py          # 项目设置文件
├── stream.py         # 数据流处理相关的Python文件
├── train.py          # 模型训练的Python脚本
└── ...

• dataset/ 目录包含了本项目使用的三个处理好的数据集：BindingDB、DAVIS和BIOSNAP。
• .gitignore 文件列出了不应该被版本控制系统跟踪的文件和目录。
• LICENSE 文件包含了项目的许可证信息，本项目采用BSD-3-Clause许可证。
• README.md 文件提供了项目的基本信息和使用指南。
• config.py 文件包含了项目的配置信息。
• example.ipynb 是一个Jupyter笔记本示例，展示了如何使用项目。
• models.py 定义了项目所使用的模型结构。
• requirements.txt 列出了项目依赖的Python库。
• setup.py 文件用于配置项目，可能包含了项目打包和安装所需的代码。
• stream.py 文件包含了处理数据流的代码。
• train.py 脚本用于执行模型的训练过程。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动主要是通过运行train.py脚本实现的。以下是启动文件的基本使用方法：

python train.py --task ${task_name}

在这里，${task_name} 是你想要训练的数据集的名称，可以是 biosnap、bindingdb 或 davis。

3. 项目的配置文件介绍

项目的配置文件是config.py，该文件包含了项目的所有配置信息，如数据集路径、模型参数、训练参数等。以下是配置文件的一个基本示例：

# config.py

# 数据集配置
DATASET_PATH = {
    'biosnap': 'path/to/biosnap/dataset',
    'bindingdb': 'path/to/bindingdb/dataset',
    'davis': 'path/to/davis/dataset'
}

# 模型配置
MODEL_CONFIG = {
    'hidden_dim': 512,
    'num_heads': 8,
    'dropout': 0.1,
    # 更多模型参数...
}

# 训练配置
TRAIN_CONFIG = {
    'epochs': 50,
    'batch_size': 32,
    'learning_rate': 0.001,
    # 更多训练参数...
}

在运行项目之前，需要根据实际情况修改DATASET_PATH中的路径，以确保数据集能够正确加载。此外，可以根据需要调整MODEL_CONFIG和TRAIN_CONFIG中的参数。

MolTrans MolTrans: Molecular Interaction Transformer for Drug Target Interaction Prediction (Bioinformatics) 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/mo/MolTrans