开源项目CAT安装与配置指南

开源项目CAT安装与配置指南

CAT CAT/BAT: tool for taxonomic classification of contigs and metagenome-assembled genomes (MAGs) 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/cat4/CAT

1. 项目基础介绍

CAT（Contig Annotation Tool）是一个用于对长DNA序列和由现代宏基因组学研究产生的宏基因组组装基因组（MAGs / bins）进行分类的开源工具。它主要针对已知和未知的微生物进行分类。该工具的核心算法包括基因预测、将预测的ORFs（开放阅读框）映射到蛋白质数据库，并根据各个ORFs的分类对整个contig/MAG进行基于投票的分类。

主要编程语言：Python 3

2. 项目使用的关键技术和框架

• DIAMOND：用于快速蛋白质序列比对。
• Prodigal：基因预测工具，用于预测开放阅读框（ORFs）。
• BWA和SAMtools：这些工具在RAT（Read Annotation Tool）中使用，用于读取注释和宏基因组分类。

3. 安装和配置准备工作

在开始安装之前，请确保您的系统满足以下要求：

• Python 3
• DIAMOND
• Prodigal
• （可选）BWA和SAMtools（如果使用RAT）

安装步骤

1. 克隆项目仓库

   首先，您需要在您的计算机上克隆CAT项目的仓库：

   git clone https://github.com/dutilh/CAT.git
   cd CAT
   

2. 安装依赖

   接下来，您需要安装项目所依赖的软件包。可以使用pip来安装Python依赖，但对于DIAMOND、Prodigal、BWA和SAMtools，您可能需要根据您的操作系统使用包管理器进行安装。

   pip install -r requirements.txt  # 如果项目提供了这个文件
   

3. 下载数据库文件

   CAT需要一个数据库文件来执行分类。您可以从项目的官方网站下载预构建的数据库文件，或者自己构建一个。

   下载预构建的数据库文件示例：

   wget tbb.bio.uu.nl/tina/CAT_pack_prepare/20240422_CAT_nr.tar.gz
   tar -xvzf 20240422_CAT_nr.tar.gz
   

   如果您选择自己构建数据库，请参考项目仓库中的文档说明。

4. 配置环境变量

   为了方便使用CAT命令，您可以将CAT的目录添加到您的系统环境变量PATH中。

   export PATH=$PATH:/path/to/CAT
   

5. 验证安装

   最后，验证CAT是否已正确安装：

   CAT-pack --version
   

如果所有步骤都顺利完成，您现在应该已经成功安装了CAT，可以开始使用了。有关如何使用CAT进行序列注释和分类的详细指南，请参考项目仓库中的README文件和相关文档。

CAT CAT/BAT: tool for taxonomic classification of contigs and metagenome-assembled genomes (MAGs) 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/cat4/CAT