PhyloWGS 项目推荐

PhyloWGS 项目推荐

phylowgs Application for inferring subclonal composition and evolution from whole-genome sequencing data. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ph/phylowgs

1. 项目基础介绍和主要编程语言

PhyloWGS 是一个用于从全基因组测序数据中推断亚克隆组成和进化的开源项目。该项目结合了Python和C++两种编程语言，利用这两种语言的优势来实现高效的计算和数据处理。Python主要用于数据处理、算法实现和用户交互，而C++则用于性能关键部分，以确保计算效率。

2. 项目核心功能

PhyloWGS 的核心功能是通过分析肿瘤的全基因组测序数据，推断出肿瘤的亚克隆组成和进化历史。具体来说，项目的主要功能包括：

• 亚克隆推断：通过分析突变数据（SSM）和拷贝数变异数据（CNV），推断出肿瘤中不同亚克隆的组成。
• 进化树构建：基于推断出的亚克隆信息，构建肿瘤的进化树，展示不同亚克隆之间的进化关系。
• 多链 MCMC 采样：使用多链马尔可夫链蒙特卡洛（MCMC）方法来采样后验分布，以获得更准确的推断结果。

3. 项目最近更新的功能

PhyloWGS 最近的更新主要集中在以下几个方面：

• 性能优化：对C++部分进行了优化，提升了计算效率，减少了运行时间。
• 用户界面改进：改进了Python脚本的用户交互界面，使得用户更容易上手和使用。
• 数据处理增强：增加了对更多类型输入数据的支持，扩展了项目的适用范围。
• 结果可视化：改进了结果可视化工具，使得用户可以更直观地查看和理解推断结果。

通过这些更新，PhyloWGS 在保持其核心功能的基础上，进一步提升了用户体验和计算效率，使其成为一个更加强大和易用的工具。

phylowgs Application for inferring subclonal composition and evolution from whole-genome sequencing data. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ph/phylowgs