NGB 项目常见问题解决方案-优快云博客

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NGB 项目常见问题解决方案

NGB New Genome Browser (NGB) - a Web - based NGS data viewer with unique Structural Variations (SVs) visualization capabilities, high performance, scalability, and cloud data support 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ng/NGB

项目基础介绍

NGB（New Genome Browser）是一个基于 Web 的 NGS（Next Generation Sequencing）数据浏览器，具有独特的结构变异（Structural Variations, SVs）可视化能力。该项目由 EPAM 公司开发，旨在提供高性能、可扩展性以及对云数据的支持。NGB 支持 CRAM 格式，并集成了多种数据源，如 ENSEMBL 和 UniPROT 等。项目的主要编程语言包括 Java 和 JavaScript，同时也使用了 Docker 进行容器化部署。

新手使用注意事项及解决方案

1. Docker 安装问题

问题描述： 新手在尝试使用 Docker 运行 NGB 时，可能会遇到 Docker 未安装或版本不兼容的问题。

解决步骤：

检查 Docker 是否已安装：
- 打开终端并输入以下命令：
```
docker --version
```
- 如果显示 Docker 版本信息，则说明 Docker 已安装。
安装 Docker：
- 如果未安装 Docker，请根据操作系统选择合适的安装方法。例如，在 Ubuntu 上可以使用以下命令安装：
```
sudo apt-get update
sudo apt-get install docker.io
```
验证安装：
- 安装完成后，再次运行 docker --version 命令以确认安装成功。

2. 项目构建失败

问题描述： 新手在尝试构建 NGB 项目时，可能会遇到构建失败的问题，通常是由于依赖项未正确配置。

解决步骤：

检查依赖项：
- 确保所有必要的依赖项已安装。可以通过查看项目的 README.md 文件或 build.gradle 文件来确认所需的依赖项。
更新 Gradle：
- 如果使用 Gradle 进行构建，确保 Gradle 版本与项目要求一致。可以通过以下命令更新 Gradle：
```
./gradlew wrapper --gradle-version=6.8.3
```
清理并重新构建：
- 运行以下命令清理并重新构建项目：
```
./gradlew clean build
```

3. 数据源配置错误

问题描述： 新手在配置数据源时，可能会遇到连接失败或数据无法加载的问题。

解决步骤：

检查配置文件：
- 打开项目的配置文件（通常是 application.properties 或 config.yml），确保数据源的 URL、用户名和密码等信息正确无误。
验证数据源连接：
- 使用数据库客户端工具（如 MySQL Workbench 或 psql）手动连接到数据源，确保连接信息正确。
重启服务：
- 修改配置文件后，重启 NGB 服务以应用更改：
```
./gradlew bootRun
```