nf-core/methylseq 项目推荐

nf-core/methylseq 项目推荐

methylseq Methylation (Bisulfite-Sequencing) analysis pipeline using Bismark or bwa-meth + MethylDackel 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/me/methylseq

项目基础介绍

nf-core/methylseq 是一个用于甲基化（Bisulfite）测序数据分析的生物信息学分析流程。该项目基于 Nextflow 工作流工具构建，使得任务可以在多个计算基础设施之间以高度可移植的方式运行。项目使用 Docker 或 Singularity 容器，使得安装变得简单且结果高度可重复。该项目的编程语言主要是 Nextflow。

核心功能

• 数据预处理：对 FastQ 格式的原始数据进行预处理。
• 读段比对：支持使用 Bismark 或 bwa-meth 进行读段比对。
• 质量控制和结果报告：执行广泛的质量控制，并生成样本报告和项目报告。
• 生成参考基因组索引：可选步骤，用于生成参考基因组索引。
• 重复标记：使用 Picard 工具进行比对后的重复标记。
• 提取甲基化调用：使用 Bismark 或 MethylDackel 提取甲基化信息。

最近更新的功能

• 性能提升：通过引入 Parabricks 的 bwa-meth 实现，这是一种基于 GPU 的高性能处理方法。
• 可选工作流：用户现在可以选择不同的比对工具，例如通过参数 --aligner bismark、--aligner bismark_hisat 或 --aligner bwameth。
• 结果查看：最新的测试运行结果可以在 nf-core 网站的结果标签页中查看。
• 持续集成测试：自动化测试确保流程可以在 AWS 云基础设施上运行，并且具有合理的资源分配。

nf-core/methylseq 项目的持续更新保证了其在甲基化测序数据分析领域的先进性和实用性，是相关领域研究者的优质选择。

methylseq Methylation (Bisulfite-Sequencing) analysis pipeline using Bismark or bwa-meth + MethylDackel 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/me/methylseq