EasyAmplicon 开源项目使用教程

EasyAmplicon 开源项目使用教程

EasyAmplicon Easy Amplicon data analysis pipeline 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ea/EasyAmplicon

1、项目介绍

EasyAmplicon 是一个易于使用、开源、可重复且基于社区的扩增子数据分析管道，专为微生物组研究设计。该项目旨在简化16S rDNA扩增子数据的分析流程，支持20多种分析方法，并提供出版级别的可视化结果。用户可以在短时间内（约3小时）在笔记本电脑上完成整个项目。

2、项目快速启动

安装依赖

所有软件备份可以在FTP服务器上找到：

• FTP地址：nmdc.cn
• 匿名访问

在tools目录下，可以找到所有支持不同系统的软件和包（如mac、win）。

安装EasyAmplicon

方法1：通过GitHub下载

1. 访问GitHub主页：EasyAmplicon
2. 点击“Code”按钮，选择“Download ZIP”下载项目。
3. 将项目解压到C盘或D盘，并保持目录名称与软件名称一致。

方法2：通过百度网盘下载

1. 访问百度网盘链接：EasyAmplicon
2. 提取码：0315
3. 下载EasyAmplicon.tar.gz或EasyMicrobiome.tar.gz。

方法3：通过Git克隆

git clone https://github.com/YongxinLiu/EasyAmplicon
git clone https://github.com/YongxinLiu/EasyMicrobiome

快速启动

以Windows 10+为例：

1. 打开RStudio，并将终端设置为Git Bash（Tools -> Global Options -> Terminal -> New terminals -> Git Bash -> OK）。
2. 打开文件 -> 选择EasyAmplicon文件夹 -> 打开pipeline.sh（Windows/Linux）或pipeline_mac.sh（MacOS）。
3. 设置工作目录（wd）和EasyMicrobiome目录（db），然后逐行运行代码。

3、应用案例和最佳实践

案例1：微生物组数据分析

使用EasyAmplicon进行微生物组数据的分析和可视化，特别是16S rDNA扩增子数据。从原始数据到特征表，支持多种分析方法和出版级别的可视化。

案例2：快速项目完成

在笔记本电脑上，使用EasyAmplicon在短时间内完成整个项目，包括数据处理、分析和可视化。

4、典型生态项目

项目1：微生物多样性分析

使用EasyAmplicon进行微生物多样性分析，生成交互式的多样性分析报告，并输出可重复的HTML格式报告。

项目2：高级分析

在advanced目录下，提供了高级分析的示例，包括数据、脚本和输出图表。

通过以上步骤，您可以快速上手并使用EasyAmplicon进行微生物组数据的分析和可视化。

EasyAmplicon Easy Amplicon data analysis pipeline 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ea/EasyAmplicon