CD-HIT 开源项目使用教程

CD-HIT 开源项目使用教程

cdhitAutomatically exported from code.google.com/p/cdhit项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/cd/cdhit

1. 项目的目录结构及介绍

CD-HIT 项目的目录结构如下：

cdhit/
├── doc/
│   ├── cdhit-user-guide.wiki
│   └── ...
├── src/
│   ├── cd-hit.cpp
│   ├── cd-hit-est.cpp
│   └── ...
├── Makefile
├── README.md
└── ...

• doc/ 目录：包含项目的用户指南和其他文档。
• src/ 目录：包含项目的源代码文件。
• Makefile：用于编译项目的 Makefile 文件。
• README.md：项目的介绍和使用说明。

2. 项目的启动文件介绍

CD-HIT 项目的主要启动文件位于 src/ 目录下，包括：

• cd-hit.cpp：用于蛋白质序列聚类的程序。
• cd-hit-est.cpp：用于 DNA/RNA 序列聚类的程序。

这些文件是项目的核心，负责执行序列聚类的功能。

3. 项目的配置文件介绍

CD-HIT 项目没有明确的配置文件，但可以通过命令行参数进行配置。以下是一些常用的命令行参数：

• -i：输入文件路径。
• -o：输出文件路径。
• -c：相似度阈值。
• -n：单词大小。

例如，运行 cd-hit-est 程序的命令如下：

cd-hit-est -i est_human -o est_human95 -c 0.95 -n 8

这个命令将 est_human 文件中的序列进行聚类，并将结果输出到 est_human95 文件中，相似度阈值为 0.95，单词大小为 8。

以上是 CD-HIT 开源项目的基本使用教程，涵盖了项目的目录结构、启动文件和配置方法。希望对您有所帮助。

cdhitAutomatically exported from code.google.com/p/cdhit项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/cd/cdhit