ATAC-seq 和 DNase-seq 处理管道项目教程

ATAC-seq 和 DNase-seq 处理管道项目教程

atac_dnase_pipelines ATAC-seq and DNase-seq processing pipeline 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/at/atac_dnase_pipelines

1. 项目目录结构及介绍

atac_dnase_pipelines/
├── atac.bds
├── bds
│   ├── config
│   ├── default.env
│   ├── install_dependencies.sh
│   ├── install_genome_data.sh
│   ├── requirements.txt
│   ├── requirements_py3.txt
│   ├── uninstall_dependencies.sh
│   └── utils
├── examples
├── html
├── modules
├── species
└── utils

目录结构介绍

• atac.bds: 项目的启动文件，包含了管道的核心逻辑和流程。
• bds: 包含配置文件、依赖安装脚本、环境配置文件等。
  • config: 配置文件目录，包含管道的默认配置。
  • default.env: 默认环境配置文件。
  • install_dependencies.sh: 安装依赖的脚本。
  • install_genome_data.sh: 安装基因组数据的脚本。
  • requirements.txt: Python 依赖文件。
  • requirements_py3.txt: Python 3 依赖文件。
  • uninstall_dependencies.sh: 卸载依赖的脚本。
  • utils: 工具脚本目录。
• examples: 示例文件目录，包含一些示例数据和配置。
• html: 生成的 HTML 报告文件目录。
• modules: 模块文件目录，包含管道的各个模块。
• species: 物种相关文件目录。
• utils: 工具脚本目录，包含一些辅助脚本。

2. 项目的启动文件介绍

atac.bds

atac.bds 是项目的启动文件，包含了管道的核心逻辑和流程。它定义了从原始 FASTQ 文件到峰值调用和信号轨迹生成的整个流程。该文件使用 BigDataScript (BDS) 语言编写，支持并行化和分布式计算。

主要功能

• 数据处理: 从原始 FASTQ 文件开始，进行质量控制、比对、峰值调用等处理。
• 报告生成: 生成包含质量控制指标的 HTML 报告。
• 错误处理: 支持详细的错误报告和运行恢复。

3. 项目的配置文件介绍

default.env

default.env 是项目的默认环境配置文件，包含了管道的默认参数和设置。用户可以根据需要修改此文件以适应不同的运行环境。

主要配置项

• 物种文件路径: 指定物种文件的路径。
• 基因组数据路径: 指定基因组数据的路径。
• 依赖路径: 指定依赖软件的路径。

bds/config

bds/config 目录包含了管道的默认配置文件。这些配置文件定义了管道的各个阶段的参数和设置。

主要配置文件

• bds_config: BigDataScript 的配置文件，定义了 BDS 的运行参数。
• pipeline_config: 管道配置文件，定义了管道的各个阶段的参数。

通过以上介绍，您可以更好地理解和使用 atac_dnase_pipelines 项目。

atac_dnase_pipelines ATAC-seq and DNase-seq processing pipeline 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/at/atac_dnase_pipelines