Swarm项目推荐

Swarm项目推荐

swarm A robust and fast clustering method for amplicon-based studies 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/swarm3/swarm

项目基础介绍和主要编程语言

Swarm是一个用于基于扩增子研究的强大且快速的聚类方法。该项目由Torognes开发，主要使用C语言编写。Swarm旨在提供一种新颖的聚类算法，能够处理大规模的扩增子数据集。

项目核心功能

Swarm的核心功能包括：

1. 高分辨率聚类：Swarm能够形成稳定的高分辨率聚类，具有高生物信息产量。
2. 输入顺序无关性：与传统的聚类算法不同，Swarm的结果不受输入顺序的影响。
3. 局部链接阈值：Swarm使用局部链接阈值（d），而不是全局聚类阈值，这使得聚类结果更加精确。
4. 快速算法：Swarm 3.0引入了更快的默认算法，减少了内存占用，并提供了适用于Windows、macOS和GNU/Linux的二进制文件。

项目最近更新的功能

Swarm 3.0版本引入了以下新功能和改进：

1. 更快的默认算法：Swarm 3.0采用了更快的算法，特别是在d=1的情况下，具有线性时间复杂度。
2. 减少内存占用：新版本显著减少了内存占用，提高了运行效率。
3. 多平台支持：提供了适用于Windows x86-64、macOS ARM64、GNU/Linux ARM64和GNU/Linux POWER8的二进制文件。
4. 代码强化和测试：代码经过了强化和彻底的测试，包含806个精心设计的黑盒测试。
5. 严格去重：现在强制要求对输入序列进行严格去重。
6. 种子选项更新：--seeds选项（-w）现在按降序输出结果，并按字母顺序排列序列标签。

通过这些更新，Swarm不仅提高了性能和稳定性，还增强了用户体验和跨平台兼容性。

swarm A robust and fast clustering method for amplicon-based studies 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/swarm3/swarm